置顶 · 个人新博客

2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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test GA

陈照强 2014-4-30 11:49

#!/usr/bin/perl -w #use strict; #多基因的遗传算法 use AI::Genetic; # benz_furan_MMTORSION open FH,benz_furan_mmenergyGA.tab or die can't find the file; my @qmenergies=FH; chomp(@qmenergies); map($_=~s/^\d+\s+//,@qmenergies); # #map($_*=627.5 ...

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rapaquaro的一天内的科学网轨迹

陈照强 2014-4-29 21:45

基于google搜索引擎搜索rapaquaro一天内去过哪些人的博客，什么时间去的。 然后基于时间描绘出运动轨迹

个人分类: 图|2461 次阅读|没有评论

perl 遗传算法

陈照强 2014-4-28 17:06

需要解决的问题是 求 # y=x*sin(10*pi*x)+2 # x-seq(-1,2,0.01) 在x的范围内y的最大值对应的x，精确到4位小数 属于单基因的遗传算法，交叉不能带来新的基因 ################################################################# 生物和计算的交叉，给计算引入了遗传算法 染色体 基因 突 ...

个人分类: 算法|2877 次阅读|没有评论

pymol中小分子的叠合 ligand align，atom align，pair_fit

陈照强 2014-4-23 13:02

背景： 高斯对小分子采用不同的优化条件（二面角不同11-9-1-7），从log文件中提取分子的构象，由于能量较大，想看看比较小分子构象的差异 叠合前的图片 pair_fit 命令叠合相关原子 PyMOLpair_fit phe_330log////C9+N1+C11+C10, phe_335log////C9+N1+C11+C10 ExecutiveRMS: RMS = 0 ...

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perl hash 的拷贝深拷贝 浅拷贝 deep copy

陈照强 2014-4-10 16:32

看代码猜测结果 my %hasha; $hasha{1}{'x'}=1; $hasha{1}{'y'}=1; $hasha{1}{'z'}=1; $hasha{2}{'x'}=1; $hasha{2}{'y'}=2; $hasha{2}{'z'}=3; my $num=3; my %hashbak=%hasha; while($num--) { %hashb=%hashbak; print $hashb{2}{' ...

个人分类: DrugDesign|6706 次阅读|1 个评论

分子二面角旋转 公式

陈照强 2014-3-25 13:49

#最近需要扫描分子的二面角 第一印象，肯定用内坐标解决了。 内坐标有个问题，一定要自己手动写gjf，否则直接改变二面角的度数会出现结构紊乱的现象。 所以最终还是决定采用直角坐标系 ################ Dihe(8-7-4-3)=0 到360度扫描，步长假设是5度。 ###### 我在这里写下伪代码，等程序写完以后贴上所有的代码。 ...

个人分类: DrugDesign|4973 次阅读|没有评论

解释 科学网博客的人气

热度 6 陈照强 2014-3-22 15:46

我是用脚本刷的人气，写了个脚本模拟HTTP的请求 目前该不良行为 已经停止。

个人分类: 奇技淫巧|5371 次阅读|16 个评论 热度 6

pymol 怎么显示距离 为两位有效数字

陈照强 2014-3-10 10:32

在量化中测量2个原子的距离，要用两位有效数字，而pymol中默认是显示为1位有效数字。 具体操作，有图教程在附件中。 pymol 怎么显示距离.docx 我就不在这里排版了。

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量化---晶胞扩展的巧妙方法

陈照强 2014-2-20 16:38

CSD 的一般使用方法 首先用conquest画一些原子和基团，然后设置一些限制比如角度距离 最后搜索 背景:两个分子相互作用的时候，这两个分子来自于剑桥数据库，我们期望通过QM计算后，得到的构型和剑桥数据库中的初始构型一致，但在不加限制的时候，直接计算，得到的构型和初始构型相差很大。 方法： st ...

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