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量化---晶胞扩展的巧妙方法

已有 4102 次阅读 2014-2-20 16:38 |个人分类:QM|系统分类:科研笔记

CSD 的一般使用方法

首先用conquest画一些原子和基团,然后设置一些限制比如角度距离

最后搜索






背景:两个分子相互作用的时候,这两个分子来自于剑桥数据库,我们期望通过QM计算后,得到的构型和剑桥数据库中的初始构型一致,但在不加限制的时候,直接计算,得到的构型和初始构型相差很大。

方法:

step1:打开Mercury(剑桥数据库配套的软件),在structure NAVIGATOR中搜索POMFIG,

然后点击菜单中的calculate-->packing and slicing-->通过扩展a,b,c的值,

大约扩展到3左右;最后保存为mol2文件。

step2:用pymol打开mol2文件,选中核心的两个分子,在途中标记为红色,然后modify找他4A以内的残基,

然后extract,最后再保存下。就得到了自己想要的东西。


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