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热搜: 科学 论文
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分享 统一open和close两个构象的PDB结构信息
陈照强 2019-1-16 11:54
统一open和close两个构象的PDB结构信息 主要通过 SI.zip 解决这个问题。 场景: gromacs 计算RMSD 需要原子序号一致。 #### 摘要 同一个蛋白,解析了OPEN和CLOSE 2个构象,OPEN 构象中可能会有一段 loop 缺少。 #### 方法 step1. 补残基 补全loop,使得残基数目相同。 1t48 的范围 ...
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分享 增添图片分辨率 清晰度 letsenhance
陈照强 2019-1-10 16:28
https://letsenhance.io/ 上传图片,选择处理模式photos and arts,处理后得到图片, 把该图片上传,选择处理模式add texture进行处理,就可以获得更清晰 高清图片,然后再用PS修改分辨率就可以。 一个新账号,可以免费处理5张图片。 处理前图片 处理后图片
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分享 pdb2gmx 命令使用注意事项
陈照强 2018-12-29 17:55
Atom OXT in residue ASP 298 was not found in rtp entry ASP with 9 atoms PDB数据库中下载后的结构可能存在一定的问题,通过schrodinger中的protein preparation处理后,默认蛋白的末端是保留COO的,这时候最后一个O的原子名字为OXT。 删除该原子就可以了。 如果要在末端添加一个氨基酸,可以在pymol 中切换到e ...
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分享 去除linux中PATH变量中冗余路径
陈照强 2018-12-26 12:27
在.bashrc中添加路径到变量PATH中 每次执行source .bashrc会重复添加。 echo $PATH 把下面这段代码放到.bashrc文件的末尾,会删除冗余路径。 #!/bin/bash # # path-cleanup # # This must be run as source path-cleanup or . path-cleanup # so the current shell gets the ...
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分享 sudo 重定向权限问题
陈照强 2018-12-26 09:13
sudo awk '{print $2,$3}' gsham_input.xvg 2Dinput.txt -bash: 2Dinput.txt: 权限不够 bash 拒绝这么做,说是权限不够. 这是因为重定向符号 “” 也是 bash 的命令。sudo 只是让 awk命令具有了 root 权限, 但是没有让 “” 命令也具有root 权限,所以 bash 会认为这个命令没有写入信息的 ...
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分享 fortran自由格式和固定格式
陈照强 2018-12-25 15:19
自由格式: 扩展名 .F90; 有些作者采用自由格式编写,但是后缀名不是.f90 ,这时候编译的时候,必须要指定自由格式 gfortran rmsdrgpop.f --free-form 如果不加--free-form 选项, 编译器会错误的认为是 fortran 77的固定格式代码,从而编译出错。 gfortran rmsdrgpop.f90 -o rmsd gfortra ...
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GMT+8, 2019-2-17 17:28

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