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编译安装mdtraj

已有 952 次阅读 2019-5-14 16:55 |系统分类:科研笔记

mdtraj 1.9.3 development 版本中包含rmsf 功能,

而conda 和pip中最高的mdtraj 版本是1.9.2,

下载mdtraj,

python setup.py 就可以编译安装,需要cython 版本大于0.28

conda 中cython版本是conda install -c anaconda cython

pip install cython --upgrade 跟新cython

安装之前先下载原来老版本 mdtraj;

python setup.py install 就可以完成安装。

如果出现错误,

>>> import mdtraj
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "mdtraj/__init__.py", line 30, in <module>
    from .formats.registry import FormatRegistry
  File "mdtraj/formats/__init__.py", line 4, in <module>
    from .dcd import DCDTrajectoryFile

出现这个错误是因为当前目录中存在mdtraj文件夹,

切换到其他文件夹,然后就可以正常导入mdtraj.


python27ana 找包的顺序是从找当前目录,再找pythonpath的目录。









>>> sys.path.insert(0,'/home/zqchen/pypotcket_examples/1t48/test/mdtraj-master/build/lib.linux-x86_64-2.7/')
>>> import mdtraj
>>> mdtraj.version.version
'1.9.3'
>>> dir(mdtraj)
['Amide', 'Aromatic', 'Double', 'FormatRegistry', 'Single', 'Topology', 'Trajectory', 'Triple', '_', '__builtins__', '__doc__', '__file__', '__name__', '__package__', '__path__', '_lprmsd', '_rmsd', 'absolute_import', 'baker_hubbard', 'capi', 'chemical_shifts_ppm', 'chemical_shifts_shiftx2', 'chemical_shifts_spartaplus', 'compute_J3_HN_C', 'compute_J3_HN_CB', 'compute_J3_HN_HA', 'compute_angles', 'compute_center_of_geometry', 'compute_center_of_mass', 'compute_chemical_shifts', 'compute_chi1', 'compute_chi2', 'compute_chi3', 'compute_chi4', 'compute_chi5', 'compute_contacts', 'compute_dihedrals', 'compute_directors', 'compute_displacements', 'compute_distances', 'compute_drid', 'compute_dssp', 'compute_inertia_tensor', 'compute_neighborlist', 'compute_neighbors', 'compute_nematic_order', 'compute_omega', 'compute_phi', 'compute_psi', 'compute_rdf', 'compute_rg', 'core', 'density', 'dipole_moments', 'element', 'find_closest_contact', 'formats', 'geometry', 'isothermal_compressability_kappa_T', 'iterload', 'join', 'kabsch_sander', 'load', 'load_arc', 'load_binpos', 'load_dcd', 'load_dtr', 'load_frame', 'load_hdf5', 'load_hoomdxml', 'load_lammpstrj', 'load_lh5', 'load_mdcrd', 'load_mol2', 'load_ncrestrt', 'load_netcdf', 'load_pdb', 'load_prmtop', 'load_psf', 'load_restrt', 'load_stk', 'load_tng', 'load_topology', 'load_trr', 'load_xml', 'load_xtc', 'load_xyz', 'lprmsd', 'nmr', 'open', 'reindex_dataframe_by_atoms', 'reporters', 'rmsd', 'rmsf', 'scalar_couplings', 'shift_wrappers', 'shrake_rupley', 'static_dielectric', 'thermal_expansion_alpha_P', 'utils', 'version', 'wernet_nilsson']



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