为什么 pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路? G O 和K EGG 富集分析使用差异基因(上调基因,下调基因,或者上下调合起来的基因)作为输入,使用超几何分布等算法计算显著富集的G O term或者通路,然而,在实际数据处理中,这种使用p值和fold change 进行一刀切获得差异基因,然后进行富集分析 ...
富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析,例如G O 富集分析,Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素:1,名字(G O term或者K EGG description );2,该名字中包含的基因;3,该名字中包含的基因的P值等。常见的绘图包括:气泡图,条形图。今天我们利用G O plot R 包,来绘制一个弦图(c ...