博文
- 微生信云平台注册用户突破100000
- 微生信平台后台显示注册用户已突破 100000 。些许欣喜，些许担当。 1 ，粘贴数据，一键出图 微生信云平台以 200 多款在线绘图、分析模块为基础，致力于 0 代码在线分析数据， 0 代码在线绘制科研图片。让不会编写代码的科研工作者，贴贴数据，点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图，沉浸在数 ...
- 根据蛋白质序列，计算其分子量（molecular weight），在线工具，原理和python代码
- 蛋白质分子量 蛋白质是由许多氨基酸残基通过肽键（一个氨基酸的 α- 羧基与另一个氨基酸的 α- 氨基脱水缩合形成的化学键）连接而成。蛋白质的分子量（ molecular weight ）为各个氨基酸的分子量之和，是蛋白质的重要理化参数。单位为 Dalton （ 道 尔顿，缩写 Da ，或 D ），定义为碳 12 原子质量 ...
- 同样都是鸾尾花iris数据，为什么PCA图相反？
- PCA 简介 主成分分析（ principle component analysis ）是一种线性降维方法。它利用正交变换对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换，从而投影为一系列线性不相关变量的值，这些不相关变量称为主成分（ Principal Components ）。 PCA 是一种对数据进行简化分析的技术，可以有效地找出数据 ...
- 为什么上传GEO前需要校验fastq文件正确性，并使用md5值验证文件完整性？
- GEO数据库 Gene Expression Omnibus （ GEO ）是美国 NCBI 开发的一个大型综合数据库，它存储了超过 500 万个样品的芯片 / 测序原始数据文件。因为数据一般可公开获得且免费使用，所以 GEO 已经成为生物医学研究者最喜爱的网站之一。芯片或 / 和测序原始数据上传 GEO ，分配 GEO 号，以保证数据的 ...
- 使用ChIPSeeker进行ChIP-seq， ATAC-seq，cut&tag等富集峰的基因组注释
- 二代测序产生的数据类型 常规的下一代高通量测序（ next generation sequencing, NGS ）实验通常产生大量短片段 (reads) ，通常我们需要将这些 reads 比对到参考基因组 / 转录组上，即将它们置于生物学上有意义的基因背景下，才能获得有意义的结果。一般我们认为会产生两种类型的数据（当然两者并无严格意义 ...
- 如何判断bam文件是单端还是双端？
- 1，进入R，安装Rsamtools BiocManager::install(“Rsamtools”) 2，载入Rsamtools包 library(Rsamtools) 3，读取bam文件 testPairedEndBam(test.bam) 4，返回结果 若返回TRUE，则test.bam为双端；返回FALSE，则test.bam为单端 ...
- 如何查找“铁代谢”相关的基因？
- 铁（ iron）是人体必需的微量元素，存在于所有细胞中。除红细胞生成外，铁还参与各种生理和病理过程，例如氧气运输和储存、线粒体功能和免疫系统（Crielaard等，2017）。 铁缺乏（ i ron deficiency ）是一种常见的营养障碍（缺铁性贫血），影响全球约 1/3 的人（ Stoltzfus等，2001）。铁缺乏将会影响细 ...
- 将GO、Pathway富集结果整合在一张高颜值圆圈图上
- 富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析，例如G O 富集分析，Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素：1，名字（G O term或者K EGG description ）；2，该名字所包含的基因数目；3，该名字所包含的基因与进行富集分析的输入基因的重叠数目；4，富集的P值、F DR 值等。富集结果的常见绘图方式包括： ...
- 在线计算lncRNA-mRNA共表达相关系数，并使用cytoscape绘制共表达网络图
- 长链非编码 R NA(L ong noncoding RNA )是一类长度大于2 00 nt，不编码蛋白质的R NA 。 L ncRNA的功能多样，如图1所示，A：充当蛋白质和染色质的连接因子，引起染色质重构（chro matin remodeling ）； B：充当miRNA海绵；C：充当“sca ffold ”脚手架；D：与转录因子结合，引起转录激活；E： ...
- 免费在线绘制高颜值，带填充的连贯堆叠柱状图
- 堆叠柱状图是我们日常工作中经常使用的一类图形。然而当分类较多时，堆叠柱状图看起来不是那么清晰，通过添加额外的连线，可以增加堆叠柱状图的颜值，给人一种连贯的感觉，并且能够更好地观察数据比例的变化。 图1. 堆叠柱状图（带填充） 如图 1所示，这里展示了5个样品的m 6 A 甲基 ...
