微生信分享 http://blog.sciencenet.cn/u/chinapubmed 0代码在线绘制160+科研图

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微生信云平台注册用户突破100000
2023-7-2 00:04
微生信平台后台显示注册用户已突破 100000 。些许欣喜,些许担当。 1 ,粘贴数据,一键出图 微生信云平台以 200 多款在线绘图、分析模块为基础,致力于 0 代码在线分析数据, 0 代码在线绘制科研图片。让不会编写代码的科研工作者,贴贴数据,点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图,沉浸在数 ...
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根据蛋白质序列,计算其分子量(molecular weight),在线工具,原理和python代码
2023-6-26 23:11
蛋白质分子量 蛋白质是由许多氨基酸残基通过肽键(一个氨基酸的 α- 羧基与另一个氨基酸的 α- 氨基脱水缩合形成的化学键)连接而成。蛋白质的分子量( molecular weight )为各个氨基酸的分子量之和,是蛋白质的重要理化参数。单位为 Dalton ( 道 尔顿,缩写 Da ,或 D ),定义为碳 12 原子质量 ...
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同样都是鸾尾花iris数据,为什么PCA图相反?
2023-6-20 11:23
PCA 简介 主成分分析( principle component analysis )是一种线性降维方法。它利用正交变换对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换,从而投影为一系列线性不相关变量的值,这些不相关变量称为主成分( Principal Components )。 PCA 是一种对数据进行简化分析的技术,可以有效地找出数据 ...
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为什么上传GEO前需要校验fastq文件正确性,并使用md5值验证文件完整性?
2023-3-5 10:58
GEO数据库 Gene Expression Omnibus ( GEO )是美国 NCBI 开发的一个大型综合数据库,它存储了超过 500 万个样品的芯片 / 测序原始数据文件。因为数据一般可公开获得且免费使用,所以 GEO 已经成为生物医学研究者最喜爱的网站之一。芯片或 / 和测序原始数据上传 GEO ,分配 GEO 号,以保证数据的 ...
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使用ChIPSeeker进行ChIP-seq, ATAC-seq,cut&tag等富集峰的基因组注释
2023-2-28 15:17
二代测序产生的数据类型 常规的下一代高通量测序( next generation sequencing, NGS )实验通常产生大量短片段 (reads) ,通常我们需要将这些 reads 比对到参考基因组 / 转录组上,即将它们置于生物学上有意义的基因背景下,才能获得有意义的结果。一般我们认为会产生两种类型的数据(当然两者并无严格意义 ...
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如何判断bam文件是单端还是双端?
2023-2-7 21:05
1,进入R,安装Rsamtools BiocManager::install(“Rsamtools”) 2,载入Rsamtools包 library(Rsamtools) 3,读取bam文件 testPairedEndBam(test.bam) 4,返回结果 若返回TRUE,则test.bam为双端;返回FALSE,则test.bam为单端 ...
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如何查找“铁代谢”相关的基因?
2023-2-3 01:15
铁( iron)是人体必需的微量元素,存在于所有细胞中。除红细胞生成外,铁还参与各种生理和病理过程,例如氧气运输和储存、线粒体功能和免疫系统(Crielaard等,2017)。 铁缺乏( i ron deficiency )是一种常见的营养障碍(缺铁性贫血),影响全球约 1/3 的人( Stoltzfus等,2001)。铁缺乏将会影响细 ...
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将GO、Pathway富集结果整合在一张高颜值圆圈图上
2023-1-12 16:49
富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析,例如G O 富集分析,Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素:1,名字(G O term或者K EGG description );2,该名字所包含的基因数目;3,该名字所包含的基因与进行富集分析的输入基因的重叠数目;4,富集的P值、F DR 值等。富集结果的常见绘图方式包括: ...
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在线计算lncRNA-mRNA共表达相关系数,并使用cytoscape绘制共表达网络图
2022-12-27 21:08
长链非编码 R NA(L ong noncoding RNA )是一类长度大于2 00 nt,不编码蛋白质的R NA 。 L ncRNA的功能多样,如图1所示,A:充当蛋白质和染色质的连接因子,引起染色质重构(chro matin remodeling ); B:充当miRNA海绵;C:充当“sca ffold ”脚手架;D:与转录因子结合,引起转录激活;E: ...
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免费在线绘制高颜值,带填充的连贯堆叠柱状图
2022-12-20 09:42
堆叠柱状图是我们日常工作中经常使用的一类图形。然而当分类较多时,堆叠柱状图看起来不是那么清晰,通过添加额外的连线,可以增加堆叠柱状图的颜值,给人一种连贯的感觉,并且能够更好地观察数据比例的变化。 图1. 堆叠柱状图(带填充) 如图 1所示,这里展示了5个样品的m 6 A 甲基 ...
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GMT+8, 2024-9-24 07:32

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