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生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

癌症相关文献导读：通过转录组学和生物信息学分析鉴定与头颈癌辐射抵抗相关的预后标签: 陈明杰 2019-9-27 17:15; 金属致癌物暴露通过表观遗传重编程诱导癌症干细胞样属性：一种新的金属致癌机制 S-1结合紫杉醇可能对晚期胃癌有益：来自系统回顾和荟萃分析的证据 ARHGAP17通过抑制PI3K/AKT信号通路抑制宫颈癌肿瘤进展并上调P21和P27表达调节能量限制抗癌效果的信号通路基于癌症干细胞的口腔鳞状细胞癌肿瘤复发分子预测器 ...; 个人分类: 每日文章导读|2358 次阅读|没有评论

癌症相关文献每日导读 -- 音乐能够诱导胃癌细胞基因表达变化: 陈明杰 2019-9-26 08:13; 需要改善儿童癌症幸存者的皮肤护理和防晒实践 FOXP3在人类癌症中的表达及其作用天然放射保护剂和它们对癌症药物发现的影响有关右侧和左侧结肠癌间分子特征和肠道菌群的差异复方用药在老年癌痛患者中的风险因素人结肠直肠癌癌肝转移中的环状RNA RNA-Seq谱和潜在生物标志物 RER1增强低氧环境下胰腺癌 ...; 个人分类: 每日文章导读|1578 次阅读|没有评论

癌症相关论文每日导读：HColonDB：人类结肠癌研究数据库: 陈明杰 2019-9-25 09:04; 阿加来必是一种植物倍半萜烯内酯，它通过线粒体凋亡和下调mTOR/PI3K/Akt信号通路抑制体内肿瘤生长对人口腔鳞状癌细胞执行有效的抗癌效应 N-(p-酰基)血清素在肺癌细胞红的抗增殖和细胞毒性作用 Toll样受体在卵巢癌中的表达卡铂通过mTOR/p70s6k信号通路对卵巢癌细胞增殖和凋亡的影响 ERCC-1与卵巢癌细胞增殖和 ...; 个人分类: 每日文章导读|2772 次阅读|没有评论

癌症相关文章导读：从云南升麻中分离的环菠萝烷三萜衍生物对三阴性乳腺癌细胞的抗癌功效: 陈明杰 2019-9-24 08:15; 使用神经网络分类器自动方式进行宫颈癌检测和分割人干细胞来源自然杀伤细胞用于癌症免疫治疗的崛起尿液mRNA-PCA3水平与新的前列腺癌分级系统间的相关性混合脂质体对肝细胞癌细胞生长的抑制效应 18F-脱氧葡萄糖来源的生物学促进在鳞状细胞肛门癌中有作用吗？二肽基肽酶-4抑制通过CXCL12/CXCR4/mTOR轴加 ...; 个人分类: 每日文章导读|1907 次阅读|没有评论

癌症相关文章每日导读 -- 前列腺癌筛查：进入分子时代: 陈明杰 2019-9-23 13:17; 耳针在癌痛治疗中的有效性：随机临床试验 PLK4高表达通过调控Wnt/β-catenin信号通路促进结肠直肠癌肿瘤进展并诱导上皮-间质转化自噬、癌症干细胞和耐药心力衰竭和癌症中的代谢紊乱膳食硒摄入预防癌症吗？一项基于人群的前瞻性研究的系统回顾和荟萃分析 EGFR-突变非小细胞肺癌的新兴药物 C反应蛋白/ ...; 个人分类: 每日文章导读|2265 次阅读|没有评论

[转载]PACES：预测mRNA中的N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）修饰位点: 陈明杰 2019-8-19 10:43; N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）是一种高度保守的RNA修饰，并且是mRNA中第一个描述的乙酰化事件。已经证明mRNA中的ac4C参与mRNA稳定性调控，加工和翻译，但是仍然不清楚ac4C起作用的确切方式。此外，ac4C以生理学上相关的水平广泛分布于人类转录组中，并且迄今为止，实验仅检测了一小部分修饰序列。本研究中，我们开发了一个人类mR ...; 个人分类: 网站|4427 次阅读|没有评论

[转载]MM-6mAPred：基于马尔科夫模型识别DNA 6mA位点: 陈明杰 2019-7-30 17:13; 定义：DNA上的6mA位点，已经发现6mA与胚胎发育、应激反应等密切相关。 bioinformatics上新发表的使用马尔科夫模型预测DNA 6mA位点的网络服务器输入为fasta格式序列输出为excel表格，告诉你是否发生6mA，ratio越大越可靠。物种目前仅限于rice。参考： MM-6mAPred: Identifying DNA N6-methylad ...; 个人分类: 网站|2935 次阅读|没有评论

[转载]pBWA -- 使用并行BWA加速大规模下一代测序数据比对: 陈明杰 2019-6-5 17:31; 高通量测序产生了大量数据。将这些数据比对到参考基因组上是计算密集且耗时的。而并行计算能够加速这个过程。 pBWA是一个高效并行版BWA，基于Open MPI库。pBWA保留了BWA原来的多线程能力，为其核心比对函数添加了高效并行能力。显示pBWA的实际时间加速仅受并行系统大小限制。pBWA可以并行和多线程同时运行，极大地 ...; 个人分类: 软件|4020 次阅读|没有评论

[转载]SCnorm -- 单细胞RNA-seq数据的鲁棒标准化: 陈明杰 2019-6-2 10:15; RNA-seq数据的标准化对于准确的下游推论是必不可少的，但是大部分标准化方法所基于的假设都不能在单细胞条件下应用。因此，应用现有标准化方法到单细胞RNA-seq数据上引入了假象，这使得下游分析出现偏差。为了解决这个问题，我们介绍了SCnorm以准确且高效地进行单细胞RNA-seq数据标准化。 6种标准化方法对倍数变 ...; 个人分类: 软件|3039 次阅读|没有评论

[转载]DAFGA -- 功能基因扩增子的多样性分析: 陈明杰 2019-5-30 08:57; 功能标记基因的多样性分析提供了对执行生态学相关过程（例如氮固定基因）的微生物基团的生理学见解。然而，由于基因的进化速率不同和水平基因转移事件，将功能基因序列分组为有效分类单元是有挑战性的。 DAFGA以一种标准化方式，通过关联特定功能基因序列趋异和16S rRNA基因序列趋异评估特定功能基因的进化速率。 DAF ...; 个人分类: 软件|1760 次阅读|没有评论

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