科学网—zd200572的博文

置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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有向后不兼容接口更改，QIIME 2 2024.2 来啦

赵加栋 2024-2-23 11:57

今年 12 月，QIIME 2 团队选择放弃计划的 2023.11 版本，转而减少拉取请求的长队列并开发一些新功能。有关 2024.2 中计划中的向后不兼容接口更改的完整详细信息，以及最新的环境文件可以在此处找到！ QIIME 2 2024.2 版本现已发布！感谢所有参与者的辛勤工作！提醒一下，我们计划的下一个 QIIME 2 版本计划于 ...

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QIIME 2 2022.8 来啦

赵加栋 2022-8-30 15:08

有多少小伙伴和我一样，一直期盼着Qiime2更新的，在月末，qiime2新版本终于发布啦！小编黑板： 1.Galaxy版本22.05中得到正式支持，同时q2studio被弃用（放弃造轮子啦！） 2.从BLAST6Format搜索结果生成共识注释 3.大大加快了样本数据拆分的速度 4.社区开发版提供了分析粪便微生物群移植的新功能 5.改进了A ...

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qiime2-2022.2发布啦

赵加栋 2022-3-24 08:48

本现已发布！感谢所有参与者的辛勤工作！提醒一下，我们计划的下一个QIIME 2版本计划于2022年4月发布（QIIME 2 2022.4），请继续关注更新。查看 QIIME 2 2022.2 文档有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题，请在QIIME 2论坛上与我们联系！虚拟机构建版本已经推出（q2galaxy 除 ...

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QIIME 2 2021.11发布啦

赵加栋 2021-11-28 10:37

QIIME 2 2021.11 版本现已推出！感谢所有参与者的辛勤工作！下一版计划于 2021 年2月(QIIME 2 2022.2)发布，请继续关注更新。查看 QIIME 2 2021.11 文档 f有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请联系 QIIME 2 论坛！虚拟机生成将在下周的某个时候提供， ...

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snpQT-又一个人基因组SNP填充和GWAS流程

赵加栋 2021-9-12 12:28

发现搜索引擎是个神奇的东西，偶然想起的关键词一搜索，获得的就是意想不到的结果，我以imputation+qc搜索，就找到了snpQT（发音Snip Cute）这样一个神奇的工具/流程。这个流程的目的是让你的SNP cute，为处理人类基因变异提供了帮助：基因组版本转换（b37-b38或者反过来）样本质控人群分层填充 ...

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QIIME 2 2021.8到来啦

赵加栋 2021-9-12 12:27

QIIME 2 2021.8 版本现已推出！感谢所有参与的辛勤工作！下一版计划于 2021 年 810月（QIIME 2 2021.10）发布，请继续关注更新。看看 QIIME 2 2021.8 文档有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请联系 QIIME 2 论坛！虚拟机生成将在下周的某个时候提供，关注论坛的更新！ ...

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QIIME 2 2021.2 版本发布啦

赵加栋 2021-3-2 21:28

QIIME 2 2021.2 版本现已推出！感谢所有参与者的辛勤工作！提醒一下，我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布（QIIME 2 2021.4），但请继续关注更新。查看 QIIME 2 2021.2 文档 16 有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题，可以联系QIIME 2论坛！虚拟机将 ...

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Kraken2 Vs qiime2 16S物种注释

赵加栋 2021-2-16 17:55

最早接触Kraken2这个软件是在宏基因组，但官网上说其实这个软件也是可以用于16S物种注释的。当时没怎么在意，后面发现有个美国肠道微生物检测公司Thryve是使用这个软件进行物种注释的。最近发现2020年9月的一篇文章是比较了kraken2和qiime2的物种注释结果，详细见宏基因组公众号的文章。今天我要说的是亲自拿 ...

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SMURF流程之q2-sidle

赵加栋 2021-2-6 16:37

前面已经完成了qiime2-sidle插件的安装，测试方法就是输入qiime： sidle Plugin for kmer-based marker gene reconstruction 出现了上面的选项，应该就说明已经安装成功了。数据库准备数据库准备是一劳永逸的，前面我们已经完成了数据库过滤 ...

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SMURF(5R)-Science封面文章使用的16S新流程(二)

赵加栋 2021-1-30 14:24

前面介绍的SMURF流程的运行以失败告终了，不过这个是这篇文章的参考方法，至于这篇文章改进过的方法，还没有试过，这就试一下，顺便考虑是否能把6区的移植过来，搞个6R呢，可能，算法上有略微的区别，毕竟这篇Science研究的是肿瘤中的含量很少的微生物，用了严格的去污染策略，不管怎样，试试吧！ 1、环境准备类似 ...

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