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bioconda中国镜像(清华,中科大腾讯源均已失效)

已有 9828 次阅读 2017-9-21 13:04 |系统分类:科研笔记

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道,现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像,下载安装生物信息软件速度十分缓慢,经常中断,生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。

2019.4.27 看到生信技能树jimmy大神又在网上找到一个腾讯源的,为了不误导大家,把地址放这:

转载于网上论坛

conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/msys2/

conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/menpo/

conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/peterjc123/

conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/pytorch/

conda config --set show_channel_urls yes


以下已失效

----

10.28更新,发现中科大源有了bioconda镜像,地址如下:

https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

  1. conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

  2. conda config --set show_channel_urls yes


昨天,偶然发现:

8月22号,让生信小伙伴日顾夜盼的bioconda中国镜像已经在清华tuna镜像源的一个服务器上建成了,感谢清华源和那个去呐喊的小伙伴@hyacz。

镜像地址: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

一直一来,小伙伴们倍受bioconda服务器在国外,没有国内镜像,下载软件缓慢,不时报错的煎熬。这个镜像的到来将为我们解决这个问题。

下面介绍一下镜像的使用方法:

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --set show_channel_urls yes

进行一下速度对比,公司百兆电信宽带条件下,以安装bwa软件为例:


不使用镜像,平均速度169.09KB/s,还是在网络较好的情况下,而且下载大软件容易中断。


使用镜像情况,平均速度已经是1.86MB/s,整整提高了十倍,虽然可能还没有进入官方源,有个警告,但是不影响使用。我们可以把更多的时间用在分析数据而不是折腾软件上。

怎么样,给力吧?快点上车吧!

bioconda清华源最近不是很稳定,我的测试结果是windows subsystem ubuntu不能用。大家根据情况选用,另外附上conda的中科大和清华源:

添加USTC仓库镜像:

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --set show_channel_urls yes

ustc conda-r地址:https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r/


TUNA 还提供了 Anaconda 仓库的镜像,运行以下命令:

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --set show_channel_urls yes

我的博客:https://jiawen.zd200572.comwww.zd200572.com

发现在百度上搜不到,看科学网搜索百优化好,放这试试。

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