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热搜: 科学 论文
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分享 GROMACS分析教程:水分子序参数的计算
李继存 2019-4-21 20:03
2019-04-21 06:37:43 整理: 李赟, 刘庭崧; 统稿/代码: 李继存 水分子的序参数有很多种, 不同序参数的计算方法也不尽相同. GROMACS自带的分析程序 gmx h2order 可以计算其中的两种序参数, 对于这种可以直接使用已有命令进行计算的序参数, 就无需赘言了. 有些序参数的计算比较复杂, 没有直接可以使用的命令, 这时就需 ...
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分享 外国物理学家的故事
李继存 2019-4-2 05:55
2019-04-01 18:40:39 收到后, 总觉得比印象中的轻薄不少 这么薄薄的一本, 实在很不起眼 或许是因为记忆中的那本是旧书, 被人翻得多吧 也或许是因为小时阅读能力弱, 对页数的感觉与现在不同吧 在当时, 可能几十页就会觉得是很厚的一本 而如今, 见过读过的书多了, 几百页也未必觉厚 无论厚薄, 这是一本我至今 ...
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分享 GROMACS的蛋白构象聚类分析
李继存 2019-2-13 07:44
2019-02-12 17:32:07 英文的cluster这个词, 中文可以翻译成团簇, 也可以翻译成聚类. 虽然数学上来说实质相同, 当具体使用的时候还是有些不同的, 适当加以区分可以更明确, 避免一些模糊之处. 在MD的语境下, 我们说进行团簇分析, 一般指的是, 给定一个构型, 其中包含多个原子, 我们按一定的规则(常用的是距离)将这些原 ...
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分享 gnuplot分段拟合颜色映射表达式
李继存 2019-2-9 07:49
2019-02-08 17:35:38 以前的时候讲过如何 使用gnuplot拟合颜色映射解析表达式 , 在拟合时使用了分段三次函数. 如果要处理的拟合数据不多, 分段的范围可以手动指定, 虽然显得很笨拙. 如果要拟合大量的数据, 那就需要自动处理, 手动指定拟合范围就不实际了. 最近需要拟合很多的数据, 就重新思考了一下这个问题, 完成了 ...
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分享 谷歌的改版
李继存 2019-2-1 08:03
2019-01-31 17:37:29 谷歌, 你往哪里去? 谷歌近期有过大的改版, 对我影响不是很大, 除了Gmail和谷歌翻译. 这次改版除了界面在某些人眼里可能更美观之外, 我觉得失败, 因为我常用的这两个产品都变得臃肿, 慢. 关于此次改版, 有以下几条可以对照着看: 《如何维护复杂系统》 一家公司想装修办公室地板,结果发 ...
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分享 VMD的RMSD计算器简单使用
李继存 2019-1-30 08:09
2019-01-29 17:32:35 ◆本文地址: https://jerkwin.github.io/2019/01/29/VMD的RMSD计算器简单使用/ , 转载请注明◆ ◆评论问题: https://jerkwin.herokuapp.com/category/3/博客 , 欢迎留言◆
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分享 Barnett GROMACS教程
李继存 2018-11-25 11:40
2018-11-24 21:02:36 注意 : 我将在2018年底撤下这些教程. 我没法花更多时间来维护它们并保持更新. 你仍然可以通过Internet Archive的 Wayback Machine 获取这些教程. 这些教程是我在博士期间写的一些 GROMACS 入门教程. 我发现很多GROMACS教程侧重于生物分子, 如蛋白质, 很少有人关注简单的系统. 我希望这些教程能 ...
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分享 计算机辅助翻译软件OmegaT
李继存 2018-11-16 12:05
2018-11-15 21:52:54 最近在翻译文档的时候整理了一下操作流程, 顺便完成了几个脚本以加快操作, 这里简单记录一下供参考. 计算机辅助翻译(CAT)的概念早就有了, 指的是翻译时借助计算机的记忆功能提供一些方便的操作, 如提供机器翻译, 词汇查询, 搜索以前的类似翻译等. 在我看来, CAT最主要的功能有两点, 提 ...
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分享 GROMACS输入文件模板
李继存 2018-10-26 12:03
2018-10-25 22:33:04 在翻译整理文档的时候忽然想到, 以前创建gromacs输入文件的时候都是先复制以前的文件, 然后修改一下. 这样的事不知做过多少次了. 为什么不做一个gromacs输入文件的模板, 将它集成到我用的文本编辑器notepad2-mod中呢? 想了一下, 还算好实现, 就翻出notepad2-mod的源码, 照猫画虎地加了一 ...
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分享 AMBER 2015伦敦研讨会 - 组合聚类分析示例
李继存 2018-10-15 06:22
者: Daniel R. Roe, 原文地址 2018-10-14 17:15:49 翻译: 刘恒江; 校对: 李继存 使用CPPTRAJ进行聚类/团簇分析 从分子动力学模拟中确定结构布居数目(structure populations)的一种方法是聚类/团簇分析. 聚类/团簇化是一种对数据进行分区的方法, 也就是将部分具有相似性的数据点从其他数据点中区分 ...
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GMT+8, 2019-4-23 04:47

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