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热搜: 科学 论文
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分享 模拟命令行操作的svg动画
李继存 2018-9-16 21:31
2018-09-16 08:25:12 最近看到一款可以 将 Linux 终端会话录制成 SVG 动画 的工具, 效果不错. 想着将它集成到我的脚本中, 就研究了一下它所用的svg格式. 弄明白之后, 觉得用svg来显示文字虽然性能好, 但过于麻烦, 而且文件也大, 如果直接使用js脚本来模拟显示文字, 得到的svg文件就小多了, 而且也更容易修改 ...
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分享 Pi-Pi堆积距离和堆积角度的计算
李继存 2018-8-30 10:59
2018-08-29 21:51:38 Pi-Pi堆积的概念和意义 略 Pi-Pi堆积的表征量 表征Pi-Pi堆积的物理量一般使用两个, 距离和角度. 距离为某一组原子质心或中心到另一组原子所在平面的距离, 角度为两组原子所在平面之间的夹角. 计算这两个量就需要知道如何计算一组原子所在平面的方程. 对于完全刚性的平面组原子, 三个 ...
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分享 科技绘图的调色板
李继存 2018-8-21 09:59
2018-08-20 20:36:41 最近作图的时候, 总觉得默认的线条颜色不是很美观, 就花了点时间, 将常见绘图软件所用的调色板整理总结了一下. 所参考的软件包括: origin2017 matlab python的matplotlib及seaborn Tableau d3 colorbrewer 网上相关的资料也有很多, 就不重复了. 下面给出我整理的 ...
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分享 origin自动载入xvg数据作图
李继存 2018-8-7 09:41
2018-08-06 20:39:48 origin是使用很广泛的绘图软件, 用起来也很方便. 2017版本的origin 支持命令行调用, 这样我们就可以利用Windows的命令行自动执行origin载入数据并绘图, 达到双击数据文件即可出图的目的. origin自动绘图的实现参考了 利用windows批处理实现自动绘图 . 里面给出的代码我修改了一下 ...
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分享 鹰与箭
热度 1 李继存 2018-8-7 09:39
2018-08-06 20:40:00 前些日子偶然看到有人评论说, 姬建国翻译的小说Once An Eagle 很好, 就浏览了一下 相关信息 . 这本小说的名称来源于其开头的一则寓言: So in the Libyan fable it is told That once an eagle, stricken with a dart, Said, when he saw the fashion of the shaft, “With our own feathers, n ...
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分享 绝望之于失望, 正与希望同
李继存 2018-7-23 10:26
2018-07-22 21:26:48 最近看了两部纪录片: 《出·路》, 《中国日结1500日元的年轻人们》. 前一部类似英国的《56UP》, 关注追踪孩子的成长; 后一部则关注所谓的”三和大神”, 也就是那些底层青年. 鲁迅在《希望》一文中曾说: 绝望之为虚妄, 正与希望相同. 我套用这话作为观后感吧: 绝望之于失望, 正与希望同. 鲁迅《 ...
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分享 MSD算扩散系数的几种方法
李继存 2018-7-20 11:34
2018-07-19 22:10:28 利用均方位移MSD算扩散系数时, 最重要的是确定线性拟合的区间. 这在以前的 博文 中有说明. 在这里我总结一下确定拟合区间的几种方法, 并给出matlab代码供参考. 确定拟合区间的方法主要有下面几种: 动态扩散系数(RDC), 也就是查看MSD/6t的变化 稳健拟合 最小协方差行列式方法 ...
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分享 GROMACS团簇分析代码
李继存 2018-7-12 09:47
2018-07-11 20:41:53 以前简单说过 使用GROMACS进行团簇分析的方法 , 是利用脚本组合 mdmat 和 cluster 这两个工具完成的. 最近又需要进行团簇分析, 就把这两部分的代码整理了一下, 组合成一个新程序 mdcluster , 并将其编译为GROMACS的内置模块, 这样就可以直接 gmx mdcluster 调用了, 更方便, 速度也更快了 ...
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分享 GROMACS编写轨迹分析工具的示例代码(gmx2018.2)
李继存 2018-7-10 09:23
原始文档 2018-07-09 20:17:46 翻译: 苏耿; 校对: 包磊 GROMACS安装包括了一个使用 轨迹分析框架 编写轨迹分析工具的模板。 它可以从安装目录下的 share/gromacs/template/ 和源代码分发中的 share/template/ 中找到。 该文档的完整源代码也包含在本文档中: template.cpp 本页的其余部分将介绍代码 ...
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分享 GROMACS轨迹分析框架(gmx2018.2)
李继存 2018-7-9 10:43
原始文档 2018-07-08 21:38:22 翻译: 包磊; 校对: 苏耿 GROMACS提供一种能够实现进行灵活轨迹分析的框架. 这个框架由几个组件组成, 这些组件可以单独使用, 但是在大多数情况下, 最好使用所有组件的功能来充分利用这个框架. 该框架主要的特点如下: 支持灵活地选择一组坐标用于分析, 这些坐标可以是动 ...
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