Jerkwin分享 http://blog.sciencenet.cn/u/Jerkwin

博文

gmx_mmpbsa使用说明

已有 786 次阅读 2019-8-2 05:40 |系统分类:科研笔记

  • 2019-07-31 10:14:58

缘起

很多年后, 当我再次更新这个工具, 就会记起, 很多年前, 我开始研究GROMACS中MMPBSA实现方法的情境. 那时的我就已经发现已有了两种解决方式: GMXPBSA脚本与g_mmpbsa程序. 我粗略地测试一下, 还算可用, 但未能尽美, 可改进之处也颇多. 因为我不经常使用, 便也就无所谓了, 暴虎冯河, 用过即忘, 倒也合适.

时间流逝, 形势在变, 心境也在变. 当我觉得真正需要测试一下MMPBSA方法时, 又回想起这两种解决方式, 重新捡拾起先前的操作, 才发现颇不顺手. GMXPBSA对GROMACS版本有要求, 脚本也颇得意大利人的风骨, 一如Italic的中文, 让我厌烦. 出起错来却又如意大利面, 纠纠结结, 纠缠不清, 让人无可措手, 只想烈马快刀, 一斩了之. g_mmpbsa呢, 印度人的作品, 传至东土已有些时日, 受者众多, 却仍有水土不服之虞. 安装麻烦, 二进制包Windows下也无法使用. 外加只能使用特定版本的GROMACS和APBS, 而无法兼容最新版本. 我本想好好参阅代码真经, 希冀修饬一二, 传与他人, 也算得我功德一件. 可总不得五蕴皆空, 六根清净. 既已如此, 又何须执著? 倒不如我也来写一段, 看看传得传不得.

简介

gmx_mmpbsa用于计算GROMACS轨迹的MMPBSA结合能, 并进行能量分解. 计算时, MM部分由脚本自行完成, PBSA部分借助APBS程序完成. 因此, 在使用gmx_mmpbsa前, 必需安装好GROMACS和APBS程序. 如果你已经需要使用这个脚本了, 那说明你已经得到了GROMACS的轨迹, GROMACS自然是已经安装好了的. 而APBS的安装也很简单, 官方网站提供了二进制版本, Linux和Windows下的都有, 拖过来就可以用.

gmx_mmpbsa计算MM和PBSA所需的原子参数(电荷, 半径, LJ参数等)来自GROMACS的.tpr文件, 因此, 需要调用gmx dump程序处理.tpr文件, 以便抽取所需的参数. 采用这种方法, 可以避免版本不兼容的问题, 因此也就可以支持任意版本的GROMACS. 对于APBS也是一样, 只要APBS的输入文件格式没有变化, 那gmx_mmpbsa生成的APBS输入文件就可以用于任意版本的APBS. 这样我们就可以安装GROMACS和APBS的最新版本而不用担心兼容性问题.

gmx_mmpbsa还使用了gmx trjconv程序, 用于处理轨迹的周期性叠合问题. 当然, 这一步你可以自己完成, 而无需借助脚本, 特别是在需要对周期性进行特殊处理的情况下.

在Windows下使用时, 还需要一个bash环境, 你可以使用msys2, Git Bash, 或cygwin.

使用流程

1. 获得输入文件

  1. 生成tpr文件, 预平衡

  2. 运行成品模拟, 得到xtc轨迹文件

  3. 生成ndx文件, 其中需要定义三个组: 复合物(com), 蛋白(pro), 配体(lig). 名字虽然是prolig, 但其实可以代表任意分子, 比如两个有机小分子, 而不一定就是蛋白和配体.

  4. 处理轨迹. 如果存在二聚体, 团簇等情况, 确保组成的原子间没有分离. 其他情况脚本可自动处理.

2. 设定gmx_mmpbsa计算参数

程序路径

  • apbs='c:/apbs1.5/bin/apbs.exe' # APBS: APBS可执行文件的完整路径. Linux系统下如: apbs='/home/users/APBS/bin/apbs'.

基本参数

  • ff=AMBER: 力场类型, AMBER, OPLS, CHARMM

  • trj=1EBZ.xtc: 轨迹文件

  • tpr=1EBZ.tpr: tpr文件

  • ndx=index.ndx: 索引文件

  • com=System: 复合物索引组

  • pro=Protein: 蛋白索引组

  • lig=BEC: 配体索引组

trjtprndx等变量指向相应文件, 将comprolig指向索引文件中相应的索引组.

其他参数主要是APBS计算所用的极性参数, 非极性参数, 网格参数, 一般无需更改太多.

3. 运行脚本

  1. 脚本首先处理轨迹: 1. 完整化; 2. 居中叠合. 之后将构型输出到pdb文件.

  2. 脚本其次抽取tpr中的原子信息, 存放在qrv文件中. 主要是复合物中每个原子的电荷, 半径, LJ参数以及残基信息.

  3. 脚本根据pdb文件中原子的坐标获取APBS网格参数, 并将每帧构型输出到APBS所需的pqr文件, 同时生成APBS输入文件*.apbs. 然后调用APBS计算每帧构型对应的apbs文件, 并计算极性PB, 非极性SA部分的贡献, 再计算MM贡献, 同时进行残基分解, 输出结果.

由于脚本在计算时是分步进行的, 因此你可以先将所有apbs文件都产生出来然后并行计算它们, 最后再统计结果. 当然这只有在计算构型较多的情况下才值得尝试.

文件说明

脚本及文件说明  
文件说明
gmx_mmpbsa.bsh总脚本
_pid.pdb转换为pdb的轨迹
_pid.qrv原子的电荷, 半径, VDW参数, 以及原子信息
APBS相关文件
_pid~XX.Yns.apbsAPBS输入文件
_pid~XX.Yns.outAPBS输出文件
_pid~XX.Yns_com.pqr复合物pqr文件
_pid~XX.Yns_lig.pqr配体pqr文件
_pid~XX.Yns_pro.pqr蛋白pqr文件
_pid~XX.Yns~COU+VDW.pdb复合物pdb文件, Occupancy列为COU能, beta列为VDW能
_pid~XX.Yns~PB+SA.pdb复合物pdb文件, Occupancy列为PB能, beta列为SA能
_pid~XX.Yns~res_MM+PBSA.pdb复合物pdb文件, Occupancy列为MM能, beta列为PBSA能
_pid~XX.Yns~res_MMPBSA.pdb复合物pdb文件, beta列为MMPBSA能
输出文件
_pid~MMPBSA.dat总能量
_pid~res_MMPBSA.dat总能量分解到残基
_pid~resMM.datMM能量分解到残基
_pid~resMM_COU.datCOU能量分解到残基
_pid~resMM_VDW.datVDW能量分解到残基
_pid~resPBSA.datPBSA能量分解到残基
_pid~resPBSA_PB.datPB能量分解到残基
_pid~resPBSA_SA.datSA能量分解到残基

用户反馈

GMXPBSA相比

  • GMXPBSA只能给出总的结果, 而gmx_mmpbsa可给出MM, PB, SA总的结果和残基分解结果;

  • GMXPBSA使用时若体系中存在自定义拓扑或残基, 则需要提供相应的拓扑或力场文件;

  • GMXPBSA原有脚本生成并使用的Mm.mdp文件较老, 需要手动修改print_files.dat脚本;

  • GMXPBSA出错时需要进入子目录查看错误原因, 重新运行时又要删除子目录, 否则不能运行, 因而调试较为繁琐;

  • GMXPBSA需先后运行三个脚本, 而gmx_mmpbsa只需要运行一次;

  • GMXPBSA可实现甘氨酸扫描(CAS), gmx_mmpbsa尚未实现.

g_mmpbsa相比

  • g_mmpbsa需要安装, 而gmx_mmpbsa无需安装, 简单修改后可直接使用;

  • g_mmpbsa需手动分别运行计算MM, PB, SA的能量, 而gmx_mmpbsa只需要运行一次.

  • g_mmpbsa计算速度较慢, 而gmx_mmpbsa脚本计算速度较快, 因可以使用最新版本的APBS程序, 支持并行.

  • g_mmpbsa可实现任意残基突变, gmx_mmpbsa尚未实现.

  • g_mmpbsa支持其他非极性模型, 如SAV, WCA, gmx_mmpbsa尚未实现.

有待改进

  • 结果的误差统计

  • GB方法

  • 其他非极性模型

  • 调用其他PB程序, 如AMBER的PBSA

  • 熵的贡献

  • 形变能的贡献

  • 甘氨酸扫描, 任意残基突变

  • APBS mg-para方法处理超大蛋白

测试: g_mmpbsa的1EBZ示例

MM能量

计算方法: 直接对势累加, 考虑溶质(蛋白)的介电常数pdie, 不使用周期性, 不使用截断, 不对构型进行优化.

注意: GMXPBSA未考虑pdie, 且使用周期性, 使用截断, 对构型进行了优化, 但所得结果差距不大.

MM能量计算结果对比  
Termg_mmpbsagmx_mmpbsaGMXPBSA
Fileenergy_MM.xvg_pid~MMPBSA.datstru.rep
COU-147.150-147.202-146.2175(-292.435/2)
VDW-321.145-321.087-324.861
MM(VDW+COU)-468.295-468.289-471.0785

MM能量分解

计算方法: 直接累加

MM能量分解计算结果对比  
Termg_mmpbsagmx_mmpbsa
Filecontrib_MM.dat_pid~resMM.dat_pid~resMM_COU.dat_pid~resMM_VDW.dat
PRO-10.2040.2040.207-0.003
GLN-20.0610.0610.066-0.005
ILE-3-0.059-0.059-0.040-0.019
THR-4-0.043-0.044-0.029-0.015
LEU-50.0020.0020.091-0.090
TRP-60.0220.0220.051-0.029
GLN-7-0.169-0.169-0.113-0.056
ARG-8-7.111-7.117-2.240-4.877
PRO-9-0.139-0.1390.039-0.179
LEU-10-0.216-0.216-0.038-0.178
VAL-110.0010.0010.033-0.032
THR-12-0.035-0.035-0.025-0.010
ILE-13-0.017-0.0170.005-0.023
LYS-14-0.118-0.118-0.113-0.005
ILE-15-0.008-0.0080.002-0.010
GLY-160.0020.0020.004-0.001
GLY-17-0.001-0.001-0.000-0.001
GLN-180.0030.0030.007-0.004
LEU-190.0080.0080.012-0.004
LYS-20-0.500-0.499-0.482-0.017
GLU-210.3820.3810.417-0.036
ALA-22-0.136-0.135-0.052-0.083
LEU-23-2.308-2.3090.017-2.325
LEU-24-0.536-0.536-0.245-0.291
ASH-25-5.742-5.716-10.8925.176
THR-26-0.510-0.5100.478-0.988
GLY-27-7.689-7.685-0.059-7.626
ALA-28-6.496-6.501-3.591-2.910
ASP-29-11.702-11.700-6.418-5.282
ASP-300.6600.6583.858-3.200
THR-31-0.352-0.352-0.007-0.345
VAL-32-1.243-1.2440.053-1.297
LEU-33-0.076-0.0760.034-0.110
GLU-340.5770.5760.618-0.042
GLU-350.5670.5660.581-0.014
MET-36-0.002-0.0020.008-0.010
SER-37-0.008-0.008-0.005-0.002
LEU-38-0.007-0.007-0.002-0.006
PRO-390.0060.0060.008-0.002
GLY-400.0110.0110.012-0.001
ARG-41-0.062-0.061-0.059-0.002
TRP-42-0.020-0.020-0.012-0.007
LYS-430.0270.0280.040-0.012
PRO-44-0.045-0.045-0.034-0.011
LYS-450.3350.3370.504-0.167
MET-46-0.318-0.318-0.161-0.157
ILE-47-2.494-2.4930.717-3.210
GLY-48-10.407-10.414-7.004-3.410
GLY-49-10.918-10.921-4.801-6.120
ILE-50-16.725-16.725-1.390-15.335
GLY-51-0.328-0.3270.202-0.530
GLY-52-0.047-0.0480.415-0.463
PHE-53-0.314-0.3130.249-0.563
ILE-54-0.638-0.638-0.076-0.562
LYS-55-0.215-0.213-0.158-0.055
VAL-56-0.171-0.171-0.045-0.127
ARG-57-0.372-0.371-0.347-0.024
GLN-58-0.067-0.067-0.038-0.029
TYR-590.0160.0160.029-0.013
ASP-600.2030.2020.209-0.007
GLN-61-0.028-0.028-0.024-0.004
ILE-62-0.018-0.018-0.012-0.006
LEU-630.0090.0090.012-0.003
ILE-64-0.030-0.030-0.017-0.013
GLU-650.0550.0550.060-0.005
ILE-66-0.022-0.022-0.003-0.018
CYS-67-0.015-0.015-0.007-0.008
GLY-68-0.006-0.006-0.004-0.002
HIS-69-0.000-0.0000.004-0.004
LYS-70-0.054-0.054-0.051-0.003
ALA-710.0080.0080.012-0.003
ILE-72-0.016-0.016-0.011-0.005
GLY-73-0.024-0.024-0.019-0.005
THR-740.0100.0100.042-0.033
VAL-75-0.083-0.082-0.048-0.035
LEU-76-0.276-0.276-0.011-0.265
VAL-77-0.057-0.057-0.020-0.037
GLY-78-0.028-0.0280.003-0.031
PRO-790.0400.0400.126-0.086
THR-80-0.507-0.507-0.011-0.496
PRO-81-2.052-2.051-0.282-1.769
VAL-82-4.520-4.5200.056-4.576
ASN-83-0.244-0.2440.097-0.341
ILE-840.3830.3760.2200.156
ILE-85-0.503-0.503-0.207-0.296
GLY-86-0.489-0.489-0.223-0.266
ARG-870.0740.0700.606-0.536
ASN-88-0.087-0.0860.025-0.111
LEU-89-0.051-0.051-0.010-0.041
LEU-90-0.048-0.0480.008-0.056
THR-91-0.006-0.0060.010-0.016
GLN-92-0.035-0.035-0.026-0.010
ILE-93-0.006-0.0060.003-0.009
GLY-94-0.010-0.010-0.007-0.003
CYS-95-0.041-0.041-0.029-0.012
THR-960.0580.0580.069-0.011
LEU-970.0380.0380.087-0.049
ASN-98-0.093-0.093-0.084-0.010
PHE-99-0.609-0.609-0.596-0.013
PRO-1010.6370.6370.641-0.004
GLN-102-0.006-0.006-0.002-0.005
ILE-103-0.007-0.0070.012-0.018
THR-104-0.107-0.107-0.095-0.012
LEU-105-0.009-0.0090.055-0.064
TRP-1060.0050.0060.038-0.032
GLN-107-0.135-0.135-0.085-0.050
ARG-1080.9030.8954.998-4.102
PRO-109-0.350-0.350-0.193-0.156
LEU-110-0.072-0.0720.090-0.161
VAL-111-0.107-0.107-0.077-0.031
THR-1120.0260.0260.035-0.010
ILE-113-0.016-0.0160.011-0.027
LYS-1140.3920.3910.396-0.005
ILE-115-0.019-0.019-0.007-0.012
GLY-116-0.005-0.005-0.003-0.002
GLY-1170.0030.0030.004-0.001
GLN-118-0.055-0.055-0.050-0.005
LEU-1190.0140.0140.019-0.005
LYS-1200.5580.5580.579-0.022
GLU-121-1.704-1.704-1.638-0.065
ALA-1220.1020.1020.200-0.098
LEU-123-3.696-3.6960.157-3.853
LEU-124-0.594-0.594-0.302-0.292
ASP-125-25.997-25.986-24.723-1.263
THR-126-0.361-0.3610.367-0.728
GLY-127-12.305-12.314-5.690-6.624
ALA-128-13.661-13.660-3.604-10.056
ASP-129-6.844-6.8492.647-9.495
ASP-130-3.428-3.4330.495-3.928
THR-131-0.750-0.7500.150-0.901
VAL-132-2.478-2.477-0.331-2.147
LEU-1330.0070.0070.162-0.156
GLU-134-1.015-1.015-0.903-0.111
GLU-1350.1300.1300.153-0.022
MET-136-0.017-0.017-0.002-0.015
SER-137-0.029-0.029-0.025-0.004
LEU-1380.0080.0080.016-0.008
PRO-1390.0090.0100.012-0.002
GLY-140-0.003-0.003-0.002-0.001
ARG-141-0.200-0.200-0.198-0.003
TRP-142-0.008-0.0080.004-0.012
LYS-143-0.574-0.574-0.559-0.016
PRO-144-0.056-0.056-0.040-0.015
LYS-145-1.415-1.415-1.068-0.347
MET-146-0.406-0.407-0.249-0.157
ILE-147-4.248-4.2490.125-4.374
GLY-148-5.601-5.602-1.655-3.947
GLY-149-10.792-10.785-5.451-5.334
ILE-150-20.312-20.303-5.702-14.601
GLY-151-1.550-1.551-0.968-0.583
GLY-1520.2740.2740.580-0.306
PHE-153-0.435-0.436-0.082-0.354
ILE-154-0.386-0.3860.102-0.488
LYS-155-1.053-1.053-0.987-0.066
VAL-156-0.268-0.2680.006-0.274
ARG-157-0.385-0.385-0.337-0.048
GLN-1580.0510.0510.102-0.051
TYR-1590.0080.0080.030-0.023
ASP-1600.2820.2820.292-0.011
GLN-161-0.009-0.009-0.005-0.004
ILE-162-0.013-0.013-0.004-0.009
LEU-163-0.005-0.005-0.000-0.004
ILE-1640.0190.0190.034-0.015
GLU-165-0.459-0.459-0.454-0.005
ILE-1660.0300.0300.047-0.018
CYS-167-0.000-0.0000.005-0.006
GLY-1680.0230.0230.025-0.001
HIS-1690.0080.0080.012-0.004
LYS-1700.2400.2390.243-0.003
ALA-171-0.017-0.017-0.012-0.005
ILE-172-0.005-0.0050.001-0.006
GLY-173-0.014-0.014-0.006-0.008
THR-174-0.119-0.119-0.060-0.058
VAL-1750.0050.0050.063-0.058
LEU-176-1.081-1.080-0.139-0.942
VAL-177-0.005-0.0050.070-0.075
GLY-178-0.343-0.343-0.268-0.075
PRO-1790.2340.2340.466-0.232
THR-180-1.020-1.0200.084-1.104
PRO-181-2.907-2.9070.285-3.191
VAL-182-4.923-4.9220.213-5.135
ASN-183-0.565-0.565-0.152-0.413
ILE-184-6.518-6.5190.443-6.961
ILE-185-0.517-0.517-0.183-0.334
GLY-186-0.707-0.708-0.281-0.427
ARG-187-2.021-2.020-1.384-0.636
ASN-188-0.358-0.358-0.161-0.198
LEU-189-0.012-0.0120.051-0.063
LEU-190-0.077-0.0770.036-0.113
THR-191-0.044-0.044-0.020-0.024
GLN-192-0.011-0.0110.001-0.012
ILE-1930.0080.0080.024-0.015
GLY-194-0.010-0.010-0.006-0.004
CYS-195-0.047-0.047-0.026-0.021
THR-196-0.040-0.040-0.028-0.012
LEU-1970.0100.0100.058-0.048
ASN-1980.0270.0270.034-0.007
PHE-199-0.295-0.295-0.287-0.007
BEC-200-234.069-234.145-73.601-160.544

PB(极性)能量, Polar solvation enrgy

计算方法: 水相能量减去真空中的能量, PB=Esol-Evac

g_mmpbsa PB能量计算示例  
Termcomprolig
Esol164517.154959161287.0893511841.194271
Evac170135.930761167060.9990971997.546166
PB-5618.775802-5773.909746-156.351895
PB能量计算结果对比  
Termg_mmpbsagmx_mmpbsa
(相同电荷/网格)
gmx_mmpbsaGMXPBSA
Filepolar.xvg_pid~MMPBSA.datstru0.out
com-5618.776-5658.630-5786.034-8830.573
pro-5773.910-5816.675-5955.618-9038.944
lig-156.352-152.874-153.638-166.433
dPB(com-pro-lig)311.486310.919323.222374.805

g_mmpbsa比较, PB能量有差距, 原因在于

  • 所用网格不同, g_mmpbsa对每个分子构型使用基于其自身的网格, 而gmx_mmpbsa使用基于所有构型的网格, 所有APBS计算使用相同的网格.

  • 有些原子的半径不同, g_mmpbsa根据蛋白原子名称推断半径的方式有些怪异, 与论文所给数据不一致. 对配体, 由于原子名称可以任意取, 所以没有办法直接根据名称推断半径. 下面是g_mmpbsa所给蛋白中原子的半径, 可以看到有很多不一致之处.

      CA      1.7
      CB      1.7
      CD      1.7
      CD1     1.7
      CD1     1.77
      CD2     1.7
      CD2     1.77
      CE      1.7
      CE1     1.77
      CE2     1.77
      CE3     1.77
      CG      1.7
      CG      1.77
      CG1     1.7
      CG2     1.7
      CH2     1.77
      CZ      1.7
      CZ      1.77
      CZ2     1.77
      CZ3     1.77
      H       1.2
      H1      1.2
      H2      1.2
      HA      1.2
      HA1     1.2
      HA2     1.2
      HB      1.2
      HB1     1.2
      HB2     1.2
      HB3     1.2
      HD1     1.
      HD1     1.2
      HD11    1.2
      HD12    1.2
      HD13    1.2
      HD2     1.
      HD2     1.2
      HD21    1.2
      HD22    1.2
      HD23    1.2
      HD3     1.2
      HE      1.2
      HE1     1.
      HE1     1.2
      HE2     1.
      HE2     1.2
      HE21    1.2
      HE22    1.2
      HE3     1.
      HE3     1.2
      HG      1.2
      HG1     1.2
      HG11    1.2
      HG12    1.2
      HG13    1.2
      HG2     1.2
      HG21    1.2
      HG22    1.2
      HG23    1.2
      HH      1.2
      HH11    1.2
      HH12    1.2
      HH2     1.
      HH21    1.2
      HH22    1.2
      HZ      1.
      HZ1     1.2
      HZ2     1.
      HZ2     1.2
      HZ3     1.
      HZ3     1.2
  • 换用与g_mmpbsa相同的网格与半径后, 所得PB作用能差距很小.

  • GMXPBSA所用网格更大, 且使用了来自LJ参数的半径, 并对构型进行了优化, 所得结果也更大.

PB能量分解

计算方法: 残基处于复合物中时的能量减去处于其所属分子(蛋白/配体)中的能量, G(res@com)-G(res@pro)

g_mmpbsa PB能量分解示例  
TermPRO-1@comPRO-1@prolig@comlig@lig
sol453.312984453.3228693197.1667621841.194271
vac490.849104490.6947073213.7320721997.546166
PB-37.53612-37.371838-16.56531-156.351895
dPB(@com-@pro)-0.164282139.786585
PB能量分解计算结果对比  
Termg_mmpbsagmx_mmpbsa
Filecontrib_pol.dat_pid~resPBSA_PB.dat
PRO-1-0.164-0.151
GLN-2-0.120-0.120
ILE-30.0900.094
THR-40.1110.109
LEU-5-0.073-0.070
TRP-60.0240.024
GLN-70.2090.212
ARG-813.07413.140
PRO-9-0.051-0.059
LEU-100.0500.060
VAL-11-0.031-0.033
THR-12-0.001-0.001
ILE-13-0.021-0.019
LYS-140.0470.058
ILE-150.0020.003
GLY-160.0080.009
GLY-170.0060.008
GLN-180.0090.009
LEU-19-0.008-0.006
LYS-200.2830.311
GLU-21-0.184-0.210
ALA-22-0.016-0.006
LEU-230.1150.128
LEU-240.4910.500
ASH-256.9036.918
THR-26-0.757-0.812
GLY-276.9138.089
ALA-282.9823.538
ASP-299.5559.422
ASP-304.4605.257
THR-310.0050.008
VAL-320.1970.176
LEU-33-0.062-0.060
GLU-34-0.377-0.415
GLU-35-0.339-0.355
MET-36-0.018-0.019
SER-370.0060.007
LEU-380.0050.006
PRO-39-0.021-0.023
GLY-40-0.013-0.014
ARG-410.0120.013
TRP-420.0180.019
LYS-430.1650.180
PRO-440.0320.034
LYS-450.8410.938
MET-460.2360.236
ILE-470.3280.367
GLY-4813.02914.797
GLY-497.4207.726
ILE-501.9841.969
GLY-510.2120.215
GLY-52-0.763-0.778
PHE-53-0.124-0.133
ILE-54-0.141-0.152
LYS-550.3350.353
VAL-560.0490.052
ARG-570.3830.406
GLN-58-0.055-0.057
TYR-59-0.032-0.036
ASP-60-0.297-0.328
GLN-610.0130.017
ILE-620.0160.015
LEU-63-0.020-0.021
ILE-64-0.006-0.003
GLU-65-0.011-0.030
ILE-66-0.034-0.030
CYS-670.0040.006
GLY-68-0.007-0.005
HIS-690.0280.026
LYS-700.0270.036
ALA-71-0.001-0.000
ILE-720.0060.006
GLY-730.0110.014
THR-740.0350.033
VAL-75-0.028-0.027
LEU-760.0940.088
VAL-77-0.022-0.024
GLY-780.0530.049
PRO-79-0.164-0.162
THR-800.0060.010
PRO-810.4120.451
VAL-820.1870.214
ASN-83-0.132-0.157
ILE-84-0.198-0.180
ILE-850.4130.410
GLY-86-0.097-0.089
ARG-87-2.641-2.455
ASN-880.2990.305
LEU-89-0.127-0.124
LEU-90-0.136-0.131
THR-91-0.018-0.016
GLN-92-0.049-0.044
ILE-93-0.033-0.030
GLY-94-0.020-0.016
CYS-950.0460.040
THR-96-0.091-0.092
LEU-97-0.259-0.259
ASN-980.3010.303
PHE-990.5660.550
PRO-101-0.397-0.386
GLN-102-0.075-0.076
ILE-1030.0610.064
THR-1040.0980.096
LEU-105-0.026-0.038
TRP-1060.003-0.006
GLN-1070.1360.132
ARG-1082.1672.654
PRO-1090.3360.333
LEU-110-0.128-0.126
VAL-1110.1170.116
THR-112-0.050-0.051
ILE-113-0.121-0.119
LYS-114-0.172-0.167
ILE-115-0.055-0.054
GLY-116-0.006-0.005
GLY-117-0.021-0.021
GLN-1180.0560.055
LEU-119-0.041-0.041
LYS-120-0.300-0.281
GLU-1210.5840.556
ALA-122-0.406-0.411
LEU-1230.4980.551
LEU-1240.2200.210
ASP-12551.87255.384
THR-126-1.119-1.122
GLY-12711.32412.291
ALA-1284.2024.744
ASP-1292.2391.697
ASP-13013.44415.504
THR-131-0.439-0.429
VAL-1320.6630.677
LEU-133-0.119-0.118
GLU-1340.3720.341
GLU-135-0.172-0.186
MET-1360.0910.091
SER-1370.0160.013
LEU-138-0.028-0.029
PRO-1390.0080.007
GLY-140-0.001-0.001
ARG-1410.0210.022
TRP-142-0.017-0.018
LYS-1430.1560.169
PRO-1440.0640.065
LYS-145-0.483-0.422
MET-1460.3660.357
ILE-1470.8040.763
GLY-1489.2599.576
GLY-1496.1307.090
ILE-1504.9674.954
GLY-1511.1101.124
GLY-152-0.613-0.606
PHE-1530.1210.111
ILE-154-0.125-0.136
LYS-1550.5780.587
VAL-156-0.097-0.093
ARG-1570.3150.333
GLN-158-0.218-0.233
TYR-1590.0760.073
ASP-1600.1240.111
GLN-161-0.052-0.051
ILE-1620.0470.047
LEU-1630.0230.022
ILE-164-0.063-0.061
GLU-1650.3240.316
ILE-166-0.075-0.071
CYS-1670.0300.030
GLY-168-0.041-0.041
HIS-1690.0040.004
LYS-170-0.148-0.144
ALA-171-0.003-0.005
ILE-172-0.033-0.032
GLY-173-0.034-0.033
THR-1740.2800.283
VAL-175-0.314-0.317
LEU-1760.1610.155
VAL-177-0.067-0.074
GLY-1780.2740.275
PRO-179-0.595-0.604
THR-1800.5350.635
PRO-181-0.0290.015
VAL-1820.6550.636
ASN-1830.1580.144
ILE-184-0.982-0.997
ILE-1850.3360.354
GLY-186-0.727-0.728
ARG-187-0.185-0.107
ASN-1880.6160.630
LEU-189-0.417-0.426
LEU-190-0.402-0.407
THR-191-0.018-0.017
GLN-192-0.171-0.175
ILE-193-0.154-0.151
GLY-194-0.065-0.064
CYS-1950.1330.128
THR-1960.0050.005
LEU-197-0.160-0.161
ASN-198-0.088-0.087
PHE-1990.2290.211
BEC-200139.787138.191

SA(非极性)能量, APolar solvation energy

计算方法: 每个原子的溶剂可及表面积乘以表面张力, 加上常量

g_mmpbsa SA能量计算结果对比  
Termg_mmpbsagmx_mmpbsaGMXPBSA
Filesasa.dat_pid~resPBSA_SA.datHstru0.out
com232.144229.960223.818
pro243.428240.034233.557
lig21.15524.58621.243
dSA(com-pro-lig)-32.439-34.660-30.982

SA能量分解

计算方法: 直接累加

SA能量分解计算结果对比  
Termg_mmpbsagmx_mmpbsa
Filesasa_contrib.dat_pid~resPBSA_SA.dat
PRO-10.000-0.001
GLN-20.000-0.001
ILE-30.000-0.001
THR-40.000-0.000
LEU-50.000-0.001
TRP-60.000-0.001
GLN-70.000-0.001
ARG-8-0.847-0.703
PRO-90.000-0.000
LEU-100.000-0.001
VAL-110.000-0.001
THR-120.000-0.000
ILE-130.000-0.001
LYS-140.000-0.001
ILE-150.000-0.001
GLY-160.000-0.000
GLY-170.000-0.000
GLN-180.000-0.001
LEU-190.000-0.001
LYS-200.000-0.001
GLU-210.000-0.001
ALA-220.000-0.000
LEU-23-0.206-0.138
LEU-240.000-0.001
ASH-25-0.332-0.280
THR-260.000-0.000
GLY-27-0.440-0.474
ALA-28-0.482-0.403
ASP-29-0.332-0.471
ASP-30-0.272-0.251
THR-310.000-0.000
VAL-32-0.060-0.098
LEU-330.000-0.001
GLU-340.000-0.001
GLU-350.000-0.001
MET-360.000-0.001
SER-370.000-0.000
LEU-380.000-0.001
PRO-390.000-0.000
GLY-400.000-0.000
ARG-410.000-0.001
TRP-420.000-0.001
LYS-430.000-0.001
PRO-440.000-0.000
LYS-450.000-0.001
MET-460.000-0.001
ILE-47-0.301-0.225
GLY-48-0.940-0.830
GLY-49-0.421-0.366
ILE-50-0.722-0.764
GLY-510.000-0.000
GLY-520.000-0.000
PHE-530.000-0.001
ILE-540.000-0.001
LYS-550.000-0.001
VAL-560.000-0.001
ARG-570.000-0.001
GLN-580.000-0.001
TYR-590.000-0.001
ASP-600.000-0.000
GLN-610.000-0.001
ILE-620.000-0.001
LEU-630.000-0.001
ILE-640.000-0.001
GLU-650.000-0.001
ILE-660.000-0.001
CYS-670.000-0.000
GLY-680.000-0.000
HIS-690.000-0.001
LYS-700.000-0.001
ALA-710.000-0.000
ILE-720.000-0.001
GLY-730.000-0.000
THR-740.000-0.000
VAL-750.000-0.001
LEU-760.000-0.001
VAL-770.000-0.001
GLY-780.000-0.000
PRO-790.000-0.000
THR-800.000-0.000
PRO-81-0.120-0.129
VAL-82-0.361-0.374
ASN-830.000-0.000
ILE-84-0.361-0.205
ILE-850.000-0.001
GLY-860.000-0.000
ARG-870.000-0.001
ASN-880.000-0.000
LEU-890.000-0.001
LEU-900.000-0.001
THR-910.000-0.000
GLN-920.000-0.001
ILE-930.000-0.001
GLY-940.000-0.000
CYS-950.000-0.000
THR-960.000-0.000
LEU-970.000-0.001
ASN-980.000-0.000
PHE-990.000-0.001
PRO-1010.000-0.001
GLN-1020.000-0.001
ILE-1030.000-0.001
THR-1040.000-0.000
LEU-1050.000-0.001
TRP-1060.000-0.001
GLN-1070.000-0.001
ARG-108-0.666-0.536
PRO-1090.000-0.000
LEU-1100.000-0.001
VAL-1110.000-0.001
THR-1120.000-0.000
ILE-1130.000-0.001
LYS-1140.000-0.001
ILE-1150.000-0.001
GLY-1160.000-0.000
GLY-1170.000-0.000
GLN-1180.000-0.001
LEU-1190.000-0.001
LYS-1200.000-0.001
GLU-1210.000-0.001
ALA-1220.000-0.000
LEU-123-0.146-0.085
LEU-1240.000-0.001
ASP-125-0.228-0.234
THR-1260.000-0.000
GLY-127-0.607-0.623
ALA-128-0.507-0.302
ASP-129-0.703-0.562
ASP-130-0.272-0.232
THR-1310.000-0.000
VAL-132-0.120-0.138
LEU-1330.000-0.001
GLU-1340.000-0.001
GLU-1350.000-0.001
MET-1360.000-0.001
SER-1370.000-0.000
LEU-1380.000-0.001
PRO-1390.000-0.000
GLY-1400.000-0.000
ARG-1410.000-0.001
TRP-1420.000-0.001
LYS-1430.000-0.001
PRO-1440.000-0.000
LYS-1450.000-0.002
MET-1460.000-0.001
ILE-147-0.421-0.501
GLY-148-0.744-0.553
GLY-149-0.326-0.260
ILE-150-1.023-0.894
GLY-1510.000-0.000
GLY-1520.000-0.000
PHE-1530.000-0.001
ILE-1540.000-0.001
LYS-1550.000-0.001
VAL-1560.000-0.001
ARG-1570.000-0.001
GLN-1580.000-0.001
TYR-1590.000-0.001
ASP-1600.000-0.000
GLN-1610.000-0.001
ILE-1620.000-0.001
LEU-1630.000-0.001
ILE-1640.000-0.001
GLU-1650.000-0.001
ILE-1660.000-0.001
CYS-1670.000-0.000
GLY-1680.000-0.000
HIS-1690.000-0.001
LYS-1700.000-0.001
ALA-1710.000-0.000
ILE-1720.000-0.001
GLY-1730.000-0.000
THR-1740.000-0.000
VAL-1750.000-0.001
LEU-1760.000-0.019
VAL-1770.000-0.001
GLY-1780.000-0.000
PRO-1790.000-0.000
THR-1800.000-0.000
PRO-181-0.326-0.304
VAL-182-0.326-0.317
ASN-1830.000-0.000
ILE-184-0.301-0.247
ILE-1850.000-0.001
GLY-1860.000-0.000
ARG-1870.000-0.001
ASN-1880.000-0.000
LEU-1890.000-0.001
LEU-1900.000-0.001
THR-1910.000-0.000
GLN-1920.000-0.001
ILE-1930.000-0.001
GLY-1940.000-0.000
CYS-1950.000-0.000
THR-1960.000-0.000
LEU-1970.000-0.001
ASN-1980.000-0.000
PHE-1990.000-0.001
BEC-200-19.522-23.048

能量分解图示

◆本文地址: https://jerkwin.github.io/2019/07/31/gmx_mmpbsa使用说明/, 转载请注明◆
◆评论问题: https://jerkwin.herokuapp.com/category/3/博客, 欢迎留言◆




http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-1192094.html

上一篇:许楠:使用GAFF力场参数化小分子的自动化工具
下一篇:吴伟:auto-martini的安装和使用简介

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-10-21 20:29

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部