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GROMACS输入文件模板

已有 292 次阅读 2018-10-26 12:03 |系统分类:科研笔记

 

  • 2018-10-25 22:33:04

在翻译整理文档的时候忽然想到, 以前创建gromacs输入文件的时候都是先复制以前的文件, 然后修改一下. 这样的事不知做过多少次了. 为什么不做一个gromacs输入文件的模板, 将它集成到我用的文本编辑器notepad2-mod中呢? 想了一下, 还算好实现, 就翻出notepad2-mod的源码, 照猫画虎地加了一个GMX模板功能, 可以快速生成三位点和四位点水模型的结构文件, SPCE, TIP3P, TIP4P水模型的拓扑文件, 常用的参数文件: 能量最小化, NVT预平衡, NPT预平衡, NPT成品模拟, NVT成品模拟, 全部参数. 功能还有可增强之处, 但暂且如此吧.

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