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R中评估层次聚类可信度的包Pvclust

已有 6511 次阅读 2011-8-15 16:16 |个人分类:统计学与R语言学习|系统分类:科研笔记

就像进化树中分支需要给出bootstrap值一样,层次聚类后得到的类别划分也需要给出其可信度。R中提供了这样一个包Pvclust,它采用bootstrap重新采样的思路,对于给定的数据进行重新采样,然后会给出每个节点的可信度(AU值和BP值)。需要指出的是,它要求提供原始数据,而不能是已经计算好的距离矩阵,比如说microarray的数据,即每个基因在各种实验条件下的表达量大小。



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