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利用plink转换AGCT为1234

已有 1593 次阅读 2016-11-19 11:49 |个人分类:序列编辑|系统分类:科研笔记| GWAS, plink

我的博文主要是分享一些数据处理技巧,并非真正的知识。等到有了大块时间,再与大家共享值得记忆的知识。

做GWAS分析时,多需要haploview 获取linkage disequilibrium参数。这是一项烦躁的工作,需要将AGCT逐个替换成1234。偶然间,发现plink有一个命令可以直接转换输出序列为1234格式。

这个命令就是  【--allele1234】,真好!




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1 朱晓刚

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