博文
- SNP分型技术之四：Sequenom MassARRAY
- SNP分型的方法多种多样，MassARRAY 分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具，通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDITOF质谱技术相结合，实现基因分型检测。基于MassARRAY 分子量阵列平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高多达40重PCR反应和基因型检测，实验设计非常灵活，分型结果准 ...
- 玉米gwas
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- 一个研究组织近日在nature genetics连续发表两篇关于玉米GWAS paper，这是农作物中继水稻gwas后的又一农作物 应用 gwas挖掘功能基因。 Genome-wide association study of leaf architecture in the maize nested association mapping population http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/pdf/ng.746.pdf ...
- 二项分布和多项分布
- 二项分布 (Binomial Distribution) 二项分布即重复n次的伯努里试验。在每次试验中只有两种可能的结果,而且是互相对立的，是独立的,与其它各次试验结果无关，结果事件发生的概率在整个系列试验中保持不变,则这一系列试验称为伯努力试验。 多项分布：定义把二项分布公式再推广，就得到了多项分布（在一般概率书 ...
- 最大似然估计法
- 极大似然估计法是求估计的另一种方法。它最早由高斯提出。后来为费歇在1912年的文章中重新提出，并且证明了这个方法的一些性质。极大似然估计这一名称也是费歇给的。这是一种上前仍然得到广泛应用的方法。它是建立在极大似然原理的基础上的一个统计方法，极大似然原理的直观想法是：一个随机试验如有若干个可能的结果A，B ...
- SNP分型技术之三：巢式PCR-RFLP
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- PCR-RFLP技术是一类应用很早的分型技术，其特点是便宜廉价，适合于实验室做个小实验什么的，但是其只能用于酶切位点的改变的分型，而巢式PCR-RFLP技术相对来讲，应用等各方面就改进了非常之多，巢式PCR-RFLP基因分型技术，不同于传统的只能对于有酶切位点的传统的SNP分型的技术，巢式PCR-RFLP是针对任 ...
- 火鸡（遗传图谱）SNP based linkage map of the turkey genome
- 火鸡 即吐绶鸡(turkey)。鸡形目吐绶鸡科吐绶鸡属的一种； 是一种重 要的农业物种，对世界家禽肉制品生产的贡献居第二位。 火鸡基因组2010年发表在PLoS Biology，应用Roche 454和illumina技术相结合测序组装出火鸡的基因组草图，Contig N50 为12.6kb，Scaffold N50 为1.5Mb，而遗 ...
- SNP 分型技术之一：High Resolution Melting (HRM) analysis
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- 高分辨率熔解（High-resolution melting，简称HRM）分析是一门新兴的技术。它仅仅通过PCR之后的熔解曲线分析，就能检测PCR片段的微小序列差异，从而应用在突变扫描、序列配对和基因分型等多个方面。凭借其速度和简便性，高分辨率熔解这种方法正在迅速普及。 其实双链DNA的熔解分析可追溯到上世纪六十年代，当 ...
- High-density SNP-based chicken linkage map
- 基因组学的快速发展带动了遗传连锁图谱的构建，遗传连锁图谱的构建加速了基因组学水平上的研究，通过遗传连锁图可以在染色体水平上对基因组进行比较研究，使得比较基因组学能够得以直观的表现出来。而且遗传图谱可以反应物种在减数分裂过程中的重组与交换事件，从而得出重组率以及重组热点，这些基础 ...
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