PCR-RFLP技术是一类应用很早的分型技术，其特点是便宜廉价，适合于实验室做个小实验什么的，但是其只能用于酶切位点的改变的分型，而巢式PCR-RFLP技术相对来讲，应用等各方面就改进了非常之多，“巢式PCR-RFLP”基因分型技术，不同于传统的只能对于有酶切位点的传统的SNP分型的技术，“巢式PCR-RFLP是针对任意的基因分型技术，使任何位点最终都能进行常规限制性内切酶鉴定；同时该SNP分型技术利用巢式PCR技术，使得多个位点同时进行分析称为可能。即使低浓度的DNA也能够进行快速准确的分型工作。

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