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贝叶斯随记
热度 1 储诚进 2009-9-7 09:45
很长时间没有更新博客了,不是因为懒,确实没有东西可以写。之前在这里写过几篇有关贝叶斯统计的文章,现在回头看看,当时是在很多东西都没有弄懂的情况下就动笔了(应该还没到误人子弟的地步)。最近又重新梳理了一遍,看了很多的资料,系统的学习了一遭。一周的时间,感觉收获非常大,之前很多迷糊的、不清不楚的、似是而 ...
个人分类: 生活点滴|6181 次阅读|4 个评论 热度 1
光竞争与物种多样性降低 (Yann Hautier)
储诚进 2009-5-3 00:03
蒙Planta上的资源,昨天阅读了Hautier et al.(2009)Science上的文章。太熟悉这块了,以至于一口气读完。 施肥之后,草地群落的多样性一般都会下降,而对于下降的原因,一直说法不一:土壤酸性提高、枯枝残留物的累计、养分资源的竞争、光资源的竞争。通常来看,土壤养分的竞争一般被认为是对称的(没有定 ...
个人分类: 生活点滴|7329 次阅读|没有评论
频度与贝叶斯――白猫黑猫?(修正版)
热度 1 储诚进 2009-5-1 21:57
频度与贝叶斯――白猫黑猫?(修正版) 储诚进 兰州大学 以下所记,只是自己在学习贝叶斯期间的灵光闪现的心得与感受,混杂了频度统计与贝叶斯统计,或对或错,故放亮你的眼睛,呵呵。侧重于粗略的线条,具体细节未述。 主要从下面几个方面,大 ...
个人分类: 生活点滴|10396 次阅读|4 个评论 热度 1
个体异质性能否促进物种的共存?
储诚进 2009-4-29 09:21
关于物种共存的机制,这些年江湖上可谓是腥风血雨,不同门派尽出招数。自Hubbell中性理论的大作问世,中性派人才辈出,Nature、Science成了他们的后花园;近中性派也顺势崛起,领军人物当属北师大的张大勇老师。中性与近中性之争基本上还是门派内部的争论,本质上还是源于一宗。 当群落生态学界大部分人都在中性理论上 ...
个人分类: 生活点滴|6500 次阅读|没有评论
贝叶斯在生态学中的应用举例
储诚进 2009-4-8 07:47
刚开始接触贝叶斯分析时的时候,通常都会觉得这玩意遥不可及,很玄很虚,MCMC上10000步,然后给你个结果。再加上贝叶斯的优势在于解决复杂的问题(不同来源的不确定性、随机性等),会让人感觉学习这玩意到底会有什么用处,自己以后会碰上这么复杂的问题吗?下面给出一些细小的事例,看看生态上哪些方面可以用得上: 1. ...
个人分类: 生活点滴|8089 次阅读|没有评论
New tools for insight from ecological models and data〔转〕
储诚进 2009-4-7 04:09
By Thompson Hobbs (Colorado State University) The use of models to gain insight in ecology has followed three largely disparate traditions. Empiricists have relied on statistical models, predominantly linear ones, to make quantitative statements about relationships in data. In the empirical t ...
个人分类: 生活点滴|6301 次阅读|1 个评论
贝叶斯分析在生态学中应用讨论群
储诚进 2009-4-1 11:30
QQ群号:35044310。 主要内容涉及贝叶斯分析在生态学及环境学科方面的理论与应用。涉及到的主要软件为R和BUGS系列。 关于贝叶斯对于生态学的意义,可以参考Ecological Applications最新(四月份)的Forum(感谢jiaojiaojing推荐)。
个人分类: 生活点滴|4930 次阅读|没有评论
WinBUGS和R在贝叶斯分析方面的细微差别
储诚进 2009-3-30 05:01
最近在做一个project。之前没有注意这个问题,因为都是随便看看,没有自己动手。这次自己动手写R代码和WinBUGS代码,问题就出来了。因为最初是从WinBUGS接触贝叶斯分析的,所以对WinBUGS语言规范更熟悉,所谓的先入为主吧。在WinBUGS中,如果你没有explicitly给出待估计参数的初始值,WinBUGS本身会从先验分 ...
个人分类: 生活点滴|8789 次阅读|1 个评论
贝叶斯state-space模型
储诚进 2009-3-20 03:34
最近在学time-series model,偶的天,这玩意真是复杂!频度方法怎么看都没懂,一会儿移动平均,一会自回归,还有方差-协方差矩阵。。。。掠过。 转到贝叶斯方法,感觉好多了。贝叶斯关于时间序列的模型,是基于过程模型(process equation)和观察模型(observation equation)之上的。在每个水平上,都可以引入不确定性: ...
个人分类: 生活点滴|7392 次阅读|2 个评论
WinBUGS的内部算法(更新)
热度 1 储诚进 2009-3-17 08:55
BUGS的全称是Bayesian Inference Using Gibbs Sampling,包括WinBUGS, OpenBUGS; 以及JAGS(Just another Gibbs Sampler),都是通过Gibbs算法来完成内部模拟的。单从名字上看,很容易让人误解为仅仅限于Gibbs。我们知道,Gibbs取样器是一个直接取样方法(direct sampling),即只是适用于那些可以figure out条件后验分布的情 ...
个人分类: 生活点滴|7658 次阅读|4 个评论 热度 1

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