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PNAS 2010: 组学数据整合分析帮助发现神经胶质瘤miR-26调控机制
古槿 2014-4-29 15:24
最近一直在研究如何通过整合多层次组学数据来发现肿瘤中的miRNA/epigenetics调控机制 这篇论文: Kim et al. Integrative genome analysis reveals an oncomir/oncogene cluster regulating glioblastoma survivorship. PNAS 2010, 107(5): 2183-2188. 提供了一个很好的案例。 1)首先利用CNV的数据,发现在gliobla ...
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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会
古槿 2014-4-16 22:01
第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会 暨国际生物信息学前沿研讨会 (第二轮通知) 第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会将于 2014 年 10 月 6 日至 9 日在南京举行。本次会议由 中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会主办,清华大学生物信 ...
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读:阿西莫夫《银河帝国》系列
热度 2 古槿 2014-4-16 21:55
读完了三部曲15本,颇有些启发,这老兄的想象力、知识广博程度、故事组织能力太强大了,有突出的几点先写下来,以后有空再仔细写写: 1)谢顿的心理史学:整个银河帝国的运转是可以定量描述的,但关键参数必须符合方程的条件。类比生物网络,关键节点在合适的时候进行干预,即可使细胞状态沿着期望的轨迹前进; 2)心灵 ...
个人分类: 读书笔记|2368 次阅读|3 个评论 热度 2
【综述论文】发展肿瘤网络模型的准则与策略
热度 1 古槿 2014-3-31 16:28
Dana Pe'er and Nir Hacohen. Principles and strategies for developing network models in cancer. Cell 2011, 144: 864-872. 准则1:分子间相互影响产生数据中的统计相关性(Molecular influences generate statistical relations in data) 准则2:网络不是一成不变的:上下文相关与动态性(Networks are not ...
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肿瘤相关miRNA的oncomiRDB数据库
热度 1 古槿 2014-3-12 09:47
miRNA是一类小的调控RNA,在肿瘤发生、发展和治疗的多个阶段里有重要的调控作用。研究表明miRNA通过调控不同的致癌基因和抑癌基因来影响肿瘤相关的生物过程。为了建立肿瘤miRNA调控的生物过程和靶基因的参考资源,应对实验验证的肿瘤miRNA的相关信息进行系统收集与整理。我们从约9000篇文献摘要提取了2259条肿瘤miRNA的信 ...
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利用层级基因共表达特征集推断肿瘤相关的调控因子
古槿 2013-11-25 10:11
主要的信息: 1、肿瘤相对于正常组织发生显著差异表达的基因被称为特征基因(gene signatures),这些基因的差异变化反映的是肿瘤异常调控网络的混合作用,因此需要将差异表达基因聚类后再寻找每个聚团对应的调控因子,如本文研究的miRNA; 2、一般的聚类方法直接取统一阈值来识别基因共表达聚团,但不同的调控因子可能 ...
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生物信息学资源与分析工具(2013.10.28)
古槿 2013-10-28 12:31
Resources and tools for bioinformatics study. Please contribute this document if you have new recommendations or some commments on current collections Some small tools are also provided under ./small_tools/, such as file merge, gene list merge, gene list comparison, etc. Created, Oct 6, 2011 Lates ...
个人分类: 科研笔记|3937 次阅读|没有评论
Trey Ideker关于生物网络中模块识别的最新综述
热度 1 古槿 2013-9-21 17:53
Mitra et al. Integrative approaches for finding modular structure in biological networks. Nat Rev Genet 2013, 14:719-732. http://www.nature.com/nrg/journal/v14/n10/abs/nrg3552.html Abstract: A central goal of systems biology is to elucidate the structural and functional architecture of the cell. T ...
个人分类: 科研笔记|4318 次阅读|1 个评论 热度 1
FastDMA: 全基因组DNA甲基化芯片数据快速分析工具
热度 1 古槿 2013-8-3 08:49
1、支持分析Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip 2、计算性能高:分析速度快、占用内存少、支持多核多进程 3、多种差异DNA甲基化分析模式:单位点分析、预设区域分析、全基因组区域分析 4、提供多种注释:CpGi、基因、miRNA等 软件免费下载地址 http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/fastdma ...
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