科学网

 找回密码
  注册
利用差异基因表达模块识别抑癌的miRNA
热度 1 古槿 2014-10-5 21:40
miRNA是一种内源性的起重要调控功能的非编码RNA,发现能起到抑癌作用的miRNA对理解癌症的基因调控网络、发展新的癌症干预方法重要的意义。能对在癌组织中发生差异表达的基因起到广泛调控作用的miRNA可以被认为是与癌的发生发展相关的miRNA,但由于癌细胞中调控网络的复杂性,直接分析miRNA靶基因在差异表达基因中的富集度 ...
4119 次阅读|5 个评论 热度 1
【疾病组学数据整合分析方法-1】Cell:Autism共表达基因网
古槿 2014-8-22 12:04
Willsey et al. Coexpression networks implicate human midfetal deep cortical projection neurons in the pathogenesis of autism. Cell 2013, 155:997-1007. 基因组、表观基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等组学数据是对复杂疾病不同层次的采样,如何有效的进行数据整合分析,进而得到有生物医学意义的发现是当前 ...
4121 次阅读|没有评论
基于网络传播模型推断肿瘤相关的miRNA调控网络
古槿 2014-7-29 10:08
要点: 1、miRNA是一类重要的调控因子,miRNA调控网络的异常变化与多种疾病密切相关,通过观察miRNA靶基因及其下游基因网络的表达变化,可以反向推断出在疾病中(如恶性肿瘤)发生异常变化的miRNA调控网络; 2、与之前的模型相比,NPmiR(network propagation based miRNA inferences)方法考虑了miRNA的扰动对整个 ...
3280 次阅读|没有评论
PNAS 2010: 组学数据整合分析帮助发现神经胶质瘤miR-26调控机制
古槿 2014-4-29 15:24
最近一直在研究如何通过整合多层次组学数据来发现肿瘤中的miRNA/epigenetics调控机制 这篇论文: Kim et al. Integrative genome analysis reveals an oncomir/oncogene cluster regulating glioblastoma survivorship. PNAS 2010, 107(5): 2183-2188. 提供了一个很好的案例。 1)首先利用CNV的数据,发现在gliobla ...
3071 次阅读|没有评论
【综述论文】发展肿瘤网络模型的准则与策略
热度 1 古槿 2014-3-31 16:28
Dana Pe'er and Nir Hacohen. Principles and strategies for developing network models in cancer. Cell 2011, 144: 864-872. 准则1:分子间相互影响产生数据中的统计相关性(Molecular influences generate statistical relations in data) 准则2:网络不是一成不变的:上下文相关与动态性(Networks are not ...
2897 次阅读|1 个评论 热度 1
肿瘤相关miRNA的oncomiRDB数据库
热度 1 古槿 2014-3-12 09:47
miRNA是一类小的调控RNA,在肿瘤发生、发展和治疗的多个阶段里有重要的调控作用。研究表明miRNA通过调控不同的致癌基因和抑癌基因来影响肿瘤相关的生物过程。为了建立肿瘤miRNA调控的生物过程和靶基因的参考资源,应对实验验证的肿瘤miRNA的相关信息进行系统收集与整理。我们从约9000篇文献摘要提取了2259条肿瘤miRNA的信 ...
5608 次阅读|1 个评论 热度 1
利用层级基因共表达特征集推断肿瘤相关的调控因子
古槿 2013-11-25 10:11
主要的信息: 1、肿瘤相对于正常组织发生显著差异表达的基因被称为特征基因(gene signatures),这些基因的差异变化反映的是肿瘤异常调控网络的混合作用,因此需要将差异表达基因聚类后再寻找每个聚团对应的调控因子,如本文研究的miRNA; 2、一般的聚类方法直接取统一阈值来识别基因共表达聚团,但不同的调控因子可能 ...
3858 次阅读|没有评论
Trey Ideker关于生物网络中模块识别的最新综述
热度 1 古槿 2013-9-21 17:53
Mitra et al. Integrative approaches for finding modular structure in biological networks. Nat Rev Genet 2013, 14:719-732. http://www.nature.com/nrg/journal/v14/n10/abs/nrg3552.html Abstract: A central goal of systems biology is to elucidate the structural and functional architecture of the cell. T ...
个人分类: 科研笔记|5206 次阅读|1 个评论 热度 1
FastDMA: 全基因组DNA甲基化芯片数据快速分析工具
热度 1 古槿 2013-8-3 08:49
1、支持分析Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip 2、计算性能高:分析速度快、占用内存少、支持多核多进程 3、多种差异DNA甲基化分析模式:单位点分析、预设区域分析、全基因组区域分析 4、提供多种注释:CpGi、基因、miRNA等 软件免费下载地址 http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/fastdma ...
5061 次阅读|2 个评论 热度 1

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-9-20 07:12

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部