日本汉方医学的原点是中国，早在盛唐时期传统中医学与佛教一同随着鉴真和尚（688～763）东渡日本。可以说日本的传统医学自奈良时代开始是以中国传统医学为主流。但在江戸时代的锁国体制影响下，日本的传统医学逐渐开始融合本土文化。如果说，今天的中医学是一种包括继承中国传统医学遗产基础上，不断纳入新科学内涵的中医（包括中医现代化）；那么日本的汉方医学仅是一种固守古典「傷寒論」和「金匱要略」理论的医学。

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此外，对比中药所包含从古代到现代的各种辨证施治，潜方用药所形成的多种方剂；日本汉方药则是一种不包括民间草药验方、不包括因人而异的辨证方剂和生药及天然药物，仅是一些中国清代以前的少数传统名方及改良方剂而矣。

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实际上，自明治维新后随着西方医学在日本的普及，汉方医学曾一度长时间衰退。自日本昭和时代开始、在名医大塚敬節等人的努力下汉方医学得以恢复。1950年成立日本东洋医学会。1957年小太郎制药公司（KOTARO Pharmaceutical Co.,Ltd）开始生产汉方药颗粒剂。而后津村順天堂制药公司（TSUMURA & CO.）及钟纺制药公司（KANEBO Pharmaceuticals, Ltd.）等也开始从事对汉方药物的研究与销售。1974年在日本已有43种汉方制剂，1976年汉方制剂在日本被纳入医疗保险后得以发展，目前已有148种汉方制剂（包括147种内服药，和一种软膏制剂）被临床使用。

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近年来，临床上使用汉方药物的医生在逐渐增多，根据日経メデイカル的调查结果显示，目前正在使用汉方药物的医生有72.8%，过去曾经使用过汉方药物的医生有13.6%，可以说在日本有85%以上的医生使用过汉方药物。现在，东京女子医大，慶応義塾大学、北里研究所等知名大学及研究机构还设有汉方门诊。

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过去仅有富山医科大学设有汉方诊疗学教研室，2001年北里大学大学院也开设东洋医学教研室。由于日本法律上不存在中医，因此汉方医学教育仅是一种个人自发意志的行为。在日本21万临床医生中、东洋医学会有8000名会员。

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由于日本的汉方药物不是用于临床治疗的主流药物，因此日本的汉方药物市场规模并不大。2008年汉方药物的市场销售总额为1069億日円，折合人民币约为84.6亿元（2010-8-9人民币汇率：JPY100＝CNY7.91），占日本国内医药品市场规模的1.3%，其中日本最大的汉方制药企业-津村順天堂制药公司在2009年的市场销售分额为该行业内的83.1%。

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