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在FlowJo中给数据添加注释及更改坐标标注

已有 28176 次阅读 2013-4-16 11:28 |个人分类:FlowJo使用|系统分类:科研笔记| 分析, 数据, FlowJo, 标注, 流式

FlowJo中给数据添加注释及更改坐标标注

作者:蔡何青,FlowJo技术专员


在流式细胞仪上采集数据的时候,一般都会对数据添加一些注释以便于分析及实验的备注。如果由于疏忽而没有添加必要的注释,可以在FlowJo中进行添加。

一、修改荧光通道的标注:

采集数据时一般都会对各个通道的参数进行标注。比如在一个三色实验中(FITC, PE, PerCP),对应的通道可以被标注为FL1 -FITC-CD3, FL2-PE-CD4,FL3-PerCP-CD8。如果没有进行标注,在软件中分析时则不能显示各荧光参数所对应的抗原。在FlowJo中可以重新进行标注,使其对应到相应的抗原具体操作步骤如下:

下面的例子中,修改前图形窗口中显示情况如下图所示:X轴为APC-Ax700,Y轴为APC-H7


1. 到“Wrokspace”菜单栏中选择”Edit Columns”,打开如下窗口:

2. 在左侧的”All Column Values”列中向下拖动滚动条,找到对应的荧光参数。本例中CD4对应的是ACP-Ax700,CD8对应的是APC-H

3. 单击选中”Comp-APC-Ax700-A reagent”和”Comp-APC-H7-A reagent”

4. 点击”Add Column”按钮将其添加到右侧的”Column To Play”列,点”OK”按钮确定,

5. 所选中的两个荧光参数及其标注被显示在工作台中,手动输入需要更改的标注,如下图所示:

修改后图形窗口中显示情况如下图所示:X轴为CD4,Y轴为CD8

另外,如果你想要完全自定义坐标轴的话,可以将图片拖到布局页,在布局页中进行编辑,步骤如下:

1.将需要输出的图片拖到布局页

2.双击图片,在打开的图形定义窗口中选择“Annotate”选项卡,在“XAxis Label”中输入CD4,在“YAxis Label”中输入CD8

3. 修改后图形的坐标轴如下图所示:


二、添加新的关键词对数据进行标注:

在下面的例子中,数据在采集时的命名是从A1-A9,而不是根据数据的用途命名的。在FlowJo中,可以添加一个新的关键词,并命名为”Sample Name”,然后再输入相关的值,比如:control_1, condition_A。具体步骤如下:

1. 到”Workspace”菜单栏中选择”Add Keyword”,并给新添加的关键词命名为”Sample Name”

2. 点”OK”按钮确定,”Sample Name”关键词显示在工作台中,手动在列中输入各个数据对应的值,如下图:

另外,你也可以删除任何添加的注释,其步骤如下:

1. 到“Wrokspace”菜单栏中选择”Edit Columns”,打开如下窗口:

2. 在右侧的“ColumnsTo Display”列中选中需要删除的“SampleName”关键词,点击“RemoveColumn”按钮,按“OK”键确认。工作台中的“SampleName”关键词列被删除,如下图所示:

关键词还可以用于在布局页里面进行相对复杂的迭代批处理,一旦掌握这种使用方法,将会使你实验数据的批处理分析更加自动化,更加方便,为你节省大量的时间。这将在下一篇博文里详细讲解。




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1 魏青山

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