在FlowJo中给数据添加注释及更改坐标标注

作者：蔡何青，FlowJo技术专员

在流式细胞仪上采集数据的时候，一般都会对数据添加一些注释以便于分析及实验的备注。如果由于疏忽而没有添加必要的注释，可以在FlowJo中进行添加。

一、修改荧光通道的标注：

采集数据时一般都会对各个通道的参数进行标注。比如在一个三色实验中（FITC, PE, PerCP），对应的通道可以被标注为FL1 -FITC-CD3, FL2-PE-CD4,FL3-PerCP-CD8。如果没有进行标注，在软件中分析时则不能显示各荧光参数所对应的抗原。在FlowJo中可以重新进行标注，使其对应到相应的抗原具体操作步骤如下：

下面的例子中，修改前图形窗口中显示情况如下图所示：X轴为APC-Ax700，Y轴为APC-H7

1. 到“Wrokspace”菜单栏中选择”Edit Columns”，打开如下窗口：

2. 在左侧的”All Column Values”列中向下拖动滚动条，找到对应的荧光参数。本例中CD4对应的是ACP-Ax700，CD8对应的是APC-H

3. 单击选中”Comp-APC-Ax700-A reagent”和”Comp-APC-H7-A reagent”

4. 点击”Add Column”按钮将其添加到右侧的”Column To Play”列，点”OK”按钮确定，

5. 所选中的两个荧光参数及其标注被显示在工作台中，手动输入需要更改的标注，如下图所示：

修改后图形窗口中显示情况如下图所示：X轴为CD4，Y轴为CD8

另外，如果你想要完全自定义坐标轴的话，可以将图片拖到布局页，在布局页中进行编辑，步骤如下：

1.将需要输出的图片拖到布局页

2.双击图片，在打开的图形定义窗口中选择“Annotate”选项卡，在“XAxis Label”中输入CD4，在“YAxis Label”中输入CD8

3. 修改后图形的坐标轴如下图所示：

二、添加新的关键词对数据进行标注：

在下面的例子中，数据在采集时的命名是从A1-A9，而不是根据数据的用途命名的。在FlowJo中，可以添加一个新的关键词，并命名为”Sample Name”，然后再输入相关的值，比如：control_1, condition_A。具体步骤如下：

1. 到”Workspace”菜单栏中选择”Add Keyword”，并给新添加的关键词命名为”Sample Name”

2. 点”OK”按钮确定，”Sample Name”关键词显示在工作台中，手动在列中输入各个数据对应的值，如下图：

另外，你也可以删除任何添加的注释，其步骤如下：

1. 到“Wrokspace”菜单栏中选择”Edit Columns”，打开如下窗口：

2. 在右侧的“ColumnsTo Display”列中选中需要删除的“SampleName”关键词，点击“RemoveColumn”按钮，按“OK”键确认。工作台中的“SampleName”关键词列被删除，如下图所示：

关键词还可以用于在布局页里面进行相对复杂的迭代批处理，一旦掌握这种使用方法，将会使你实验数据的批处理分析更加自动化，更加方便，为你节省大量的时间。这将在下一篇博文里详细讲解。