R语言求解混合线性方程组(有系谱) 王金玉, 陈国宏. 数量遗传与动物育种 . 东南大学出版社, 2004. 第十六章: BLUP育种值估计 用矩阵混合线性方程组计算:方差组分已知 数据 Y = Xb + Za + e dat - data.frame(id=c(4,5,6),sire = c(1,3,3),dam=c(2,2,4),y=c(200,170,180)) dat id s ...
下面以两性状(bw1,bw2)动物模型为例,看一下他的代码文件 包括六个部分 分析描述文件 TITLE breeding value estimation for phen1 and phen2 using pedigree 观测值和固定因子,定义表型文件data.csv Observations systematic effects DATAFILE ExampleDat.txt !MISSING -99 animal A fix1 A fix2 I cov R ...
参考文献: Vanraden P M. Efficient methods to compute genomic predictions. . Journal of Dairy Science, 2008, 91(11):4414-4423. Forni S, Aguilar I, Misztal I. Different genomic relationship matrices for single-step analysis using phenotypic, pedigree and genomic information. . Genetics, selection ...
全基因组选择中的R包 心血来潮,收集了全基因组选择中涉及的R包,有些是我经常使用的,有些是从CRAN的介绍中找出来的,这些包都和GS相关。 先立个Flag,我会将这些包逐一介绍相关使用说明及注意事项。 rrBLUP rrBLUP Software for genomic prediction with the RR-BLUP mixed model (Endelman 2011, (https://do ...