MiXBLUP说明文档目录-翻译

MiXBLUP官网: http://www.mixblup.eu/

MiXBLUP，一款操作友好的软件，准备针对大量基因组数据评估使用

V2.1——2017——08月

目录

1，介绍

1.1，总览

1.2，操作说明

1.3，系统要求

2，怎么开始

2.1，安装MiXBLUP软件

2.2，MiXBLUP的licenses

2.3，怎么生成License

3，基础文件

3.1，基础文件的组成

• 分析的标题
• 观测值及固定因子
• 个体间的亲缘关系
• 性状见得方差和协方差组分
• 统计模型
• 输出结果

  3.2，基本的语法

  3.3，特殊的语法

4，观测值和固定因子设计

• 数据文件
• 方差协方差数据文件（系谱文件）
• 一般性方差协方差数据文件（基因组文件）

5，个体亲缘关系

• 系谱文件，是否考虑近交，未知亲本的编号
• 系谱文件，基因分组
• 系谱文件，考虑近交
• 系谱文件，marker分型文件
• 外部的亲缘关系文件
• G矩阵，从分子标记计算（GBLUP）
• H矩阵，ssGBLUP
• H矩阵，利用基因分组信息
• 利用APY方法，计算G矩阵
• RRBLUP，估算SNP效应
• ssRRBLUP，一步法，同时估算SNP效应值
• 利用系谱，估算双单倍体个体关系

6，方差协方差矩阵设置

• 一般的模型参数
• 通用性的参数
• SNP估计的参数
• 残差异质估算的参数

7，统计模型

• 基本模型
• 重复力模型
• 母体效应模型
• 交互模型
• 随机回归模型
• 考虑残差模型
• 性状间关联
• 残差异质关联

8，分析和结果输出参数

9，可靠性估算

10，运行 MiXBLUP

11，结果输出文件

12，常见报错

13，参考文献

14，致谢

示例代码