衣带渐宽终不悔分享 http://blog.sciencenet.cn/u/tuqiang2014 在康河的柔波里,做一条水草, 向青草更青处漫溯。

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回顾2020三场直播课||或谈我的单细胞工程与科学之旅
2020-8-1 07:38
不知不觉,2020年已经过去大半。如果说2019年是我单细胞知识不断输入的一年,2020年就是不断输出的一年,而且是大块大块地输出。在过去的大半年里,参与组织了累计长达有三周22节直播课,涵盖了目前单细胞大部分的分析思路。有人问,初心是什么?不怕同行学会了抢生意吗?不怕客户学会了丢生意吗? 其实这是怎么看到怎么 ...
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如何快速地从单细胞数据中观察HLA基因表达模式
2020-8-1 07:35
在我们分析单细胞数据的时候,想要反映细胞每一个特征往往是选择这个特征对应的基因,所以一般想要讲故事先找基因集。今天,我们就来用正则表达式来匹配一类比较特殊的基因:HLA基因。 人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen ,HLA),参与人体主要组织相容性复合体(, major histocompatibility complex ,MHC)的众多 ...
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单细胞RNA-seq数据分析最佳实践
2019-11-16 11:01
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst. Biol. 2019, 15: e8746. 摘要 单细胞 RNA-seq 提高了基因表达研究的分辨率,这项技术也带来越来越多的单细胞分析方法。这使得一般研究者难以驾驭这一多工具的格局并从中搭建最新的工作流程来分析自己的数据。 ...
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单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(样本制备)
2019-10-20 20:18
编者按:本文是Illumina团队出的NGS技术在单细胞研究中的应用,坊间以pdf的形式传阅,余以为多有不便,今摘抄于此。版权归原作者所有,侵删,内容仅供学习,更多详细信息请阅读原文。由于是综述文章,引用较多,这里为放方便阅读见,从略。 单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(应用篇一 ...
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单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(应用篇二)
2019-10-20 18:11
编者按:本文是Illumina团队出的NGS技术在单细胞研究中的应用,坊间以pdf的形式传阅,余以为多有不便,今摘抄于此。版权归原作者所有,侵删,内容仅供学习,更多详细信息请阅读原文。由于是综述文章,引用较多,这里为放方便阅读见,从略。 本篇紧承 单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述( ...
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单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(应用篇一)
2019-10-20 18:08
编者按:本文是Illumina团队出的NGS技术在单细胞研究中的应用,坊间以pdf的形式传阅,余以为多有不便,今摘抄于此。版权归原作者所有,侵删,内容仅供学习,更多详细信息请阅读原文。由于是综述文章,引用较多,这里为放方便阅读见,从略。 简介 活组织由多种 细胞类型 组成。每种细胞类型都有不同的谱系和独特的功能 ...
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scRNA-seq拟时分析工具STREAM简介[附在线版]
2019-3-31 16:51
scRNA-seq数据分析想必大家都比较熟悉了,自2014年 nature biotechnology 提出单细胞拟时分析或称为轨迹分析(Trajectory)已经有五个年头了。除了经典的Monocle(只不过是一个R包)之外出现了许多应用方便的分析工具与算法,由我带大家认识一款在Linux(命令行版)和Windows(界面版)都可以使用的分析工具—— STREA ...
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环境与生态统计||探索性数据可视化
2019-1-12 11:08
探索性数据分析(Exploratory Data Analysis, EDA)是一门学问。在我们拿到数据之后的第一冲动就是拿来建模,得出一个函数来描绘我们希望阐明的自然现象。然而,这只是一个比较浪漫的想法而已。所有统计模型都是基于一个或多个关于数据分布和关系特征的假设。学习统计学方法时,关键技巧就是有统计假设的意识和评价是否满 ...
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GMT+8, 2020-11-28 20:01

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