衣带渐宽终不悔分享 http://blog.sciencenet.cn/u/tuqiang2014 在康河的柔波里,做一条水草, 向青草更青处漫溯。

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2021单细胞寄语:向青草更青处漫溯

已有 766 次阅读 2021-1-3 19:58 |系统分类:科研笔记

寻梦?
撑一支长篙,
向青草更青处漫溯;
满载一船星辉,
在星辉斑斓里放歌。

新年的钟声一响,与单细胞在一起的日子又多了一年,这一年她成熟了许多,开始在生命科学的各个领域崭露头角。看到她的人,都啧啧称赞,一时间:行者见罗敷,下担捋髭须;少年见罗敷,脱帽著帩头。耕者忘其犁,锄者忘其锄。这一年,有不少于一千家科研小组拿到单细胞数据,正式与之结缘,开启单细胞数据挖掘之旅。这一年,单细胞领域的科学传播如火如荼,上有HCA,BIOPIC 这样的大神频繁直播,下有各个服务公司线上线下的培训和从未停过的公号推文。这一年,因为疫情,我们也有更多的时间坐在电脑前,思考自己的单细胞数据。

从数据格式/均一化到细胞通讯/基因调控,从一开始的各处学习,到后来可以脱离工具独自面对生物学问题,在单细胞数据分析这条路上我们也是最美行者。2021年就在眼前了,看着外面静静的夜,远边的街灯,我知道,此刻还有许多的朋友像我一样,像我一样地,在屏幕前思考着,探索着,也相信着。相信所有的问题都会被解决,相信所有的困惑都会被解开,相信一切的遇见都是缘。

新的一年,我依然带着这样的相信,但是我们更要开始相信自己,相信代码背后的生物学知识。邻近年关,我们多少有些冲刺的感觉,看着手中的数据,质控降维聚类注释都做好了,生物学故事怎么讲?这让我想起郝柏林先生的一句话:

力争全局在胸,坚持单刀直入,入门是不难的,深入也是办得到的,但是“找到感觉”是不容易的

于是,我们把单细胞分析武器库的十八般武艺都练了一遍,勉强说是拿得起放得下,不会再执着于工具。然而,这离武林高手还有很大的距离。完成了细胞类型的注释,就像写小说一样,其实主人公的名字才起好,他们之间将会擦出怎样的火花?还需要我们做些思考工作。这时候,再去看单细胞有什么工具没有用过,再看有什么文章可以模仿,其实就有点辜负了之前的数据探索。我们说,探索时贪婪,工具能用就用;验证时克制,不轻易变换方向。


前段时间有位朋友问:我想利用单细胞做药物靶点开发,你们什么时候开这方面的培训班?有这样的培训班,给我来个终身会员先。基础知识是最有生命力的,最活跃的,所谓基础不牢,地动山摇。然而进门之后,就算是进阶课程讲的也多是方法论而已,关键的还是生物学知识的整合。学会了单细胞数据分析距离打磨新的产品或者发CNS就像会配缓冲液到诺贝尔领奖台之间的距离一样。记住,学习是无止境的,而跟随是有边界的,所以,我们需要超越,向青草更青处漫溯。

剩下的路怎么办?谁来陪?

这需要我们去实践,好在我们有了锄和犁,可以自由耕作。我们可以感觉到单细胞无限分群的魅力,也可以感觉到空间数据那层叠的美。可是学术界那凛然的美,又岂能轻轻松松就领略的到?欲戴皇冠,必承其重啊。一如实践论所言:感觉到了的东西,我们不能立刻理解它,只有理解了的 东西才更深刻地感觉它。知识的探索,就像那榆荫下的一潭,不是清泉,是天上虹,揉碎在浮藻间,沉淀着彩虹似的梦。这不也是单细胞数据分析的魅力之一吗?看似有定式,有模板,同时新的分析方法又不断被提出来,刷新着我们的认知。

我们可以完全自信地探索单细胞数据,结合生物学问题建立知识体系,构建新的单细胞平台,提出新的模型,不必要等培训班出来,不必要等大牛亲自参与数据分析。要知道,手里的单细胞数据和对数据思考才是最大的价值,做学术,做科研,做研发,做总是要做的。

毫无疑问,2021年我们会继续向前,撑着单细胞的小船,往生命科学的知识海洋里再拓展一步。这一步,是你和我一起迈出的。

好了啦,祝大家在新的一年里心想事成,吃嘛嘛香,学啥啥会。




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