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回顾2020三场直播课||或谈我的单细胞工程与科学之旅

已有 1417 次阅读 2020-8-1 07:38 |系统分类:教学心得

不知不觉,2020年已经过去大半。如果说2019年是我单细胞知识不断输入的一年,2020年就是不断输出的一年,而且是大块大块地输出。在过去的大半年里,参与组织了累计长达有三周22节直播课,涵盖了目前单细胞大部分的分析思路。有人问,初心是什么?不怕同行学会了抢生意吗?不怕客户学会了丢生意吗?

其实这是怎么看到怎么办的问题。首先,我们做服务的为了谁?科技服务要找准自己的立场,我们做的是服务,我们国家的科研主体还是科研院所的科学家们,要知道他们是最善于学习,敢于学习,肯花时间学习的一群人,所以他们学会了是自然而然的事,拦也拦不住。而且让一部分人先学会单细胞数据分析,对单细胞行业是利大于弊的,就目前的形势来看主要还是医学院的部分技术敏感的科学家们在做单细胞,要知道我国的生命科学还有很大的空间。我们的经验是,让一部分人先富起来能够极大地激发其他人的积极性,从而实现全面小康。

至于同行,他们会了那又如何?不还是我们教的!这就看谁学的快了\^_^.

封面

还记得2020年3月5日的时候,我写了一篇文章庚子鼠年春单细胞直播潮观后,那是在我们厂在年后开学参加业内直播课的第一棒:

在这次直播中,我主讲的是单细胞转录组标准分析与个性化),其实在这次课中,主要是把过去一年多的项目执行经验和软件测试分享给大家。从大的框架到小的结构推断,给我一个表达谱基本上我会建议你从一下两个方面来考虑:

时间来到2020年5月,基本已经复工复产了。但是在线课程其实一次也没停,二月份的主要讲产品知识,分析思路,并没有生信的实际操作。应广大单细胞分析人员的邀请,顶着竞争公司收费办辅导班的行情,顶着产品经理坚持收费的要求,我们组织了为期一周的单细胞线上生物信息公开课,带实操的那种,而且是免费的。

这次课的课表设计到具体每个讲师的安排基本我是全程跟踪的,所以是比较了解的。在这次课上,我处理主讲《Seurat数据分析流程》与《单细胞转录组细胞类型鉴定通识》。

在这次课中,我们把cellranger 、Seurat、monocle,SingleR的核心代码(命令行,函数)放在ppt上讲,提供了操作示例数据并在线演示操作流程与注意事项。我们把这次课唤作:单细胞数据分析新基建。

seurat

那时我主要思考和总结细胞亚群的注释方法。其实是讲一些R包和数据库,至于定义出来的细胞类型主要还是靠课题组的数据的生物学背景支持着。离开生物学问题谈数据分析就是在耍流氓,但是很多人还是会把数据拱手让人,更有甚者直接把生物学问题也拱手相让。

注释方法

差不多两个月之后,在另一家公司又开始筹备线上讲座,课程的内容到形式我也有参与策划。其实这次讲座对我是一个挑战,因为在不久前我刚讲过一次, 要讲出新东西而不能被之前的ppt羁绊,其实这是花了一些心思的。

这次课我还是收获不少的,从之前关注每个分析方法的具体实现,到关注每个算法背后的科学问题。也是在这次课上,我感到自己对单细胞数据科学有了更加全局的理解。比如,我会看到单细胞数据分析是在大部分NGS数据分析工具成熟的基础上的,也会看到这些工具的一般性特点。

历史背景

鉴于课上的讨论,我们知道单细胞数据分析虽然很容易上手,质控降维聚类,注释富集,教程很丰富。但是由于它的信息量比较大,而且单细胞不是一个组学一个组学来的,而是很快地出现单细胞基因组,单细胞转录组,单细胞表观,空间转录组,所以存在各种的整合。就单个样本来讲其分析过程也往往是非线性的,所以如果数据不能自己分析,而是外包,沟通成本绝对够你打通单细胞数据分析。

在7月的这次课中,我感到自己有点在做科学了。第三次再讲细胞类型鉴定的时候,我能从早期人们用显微镜、染色、离心机来分离鉴别细胞类型讲起,而这些基本是上上一辈人经历。特别是当讲到在1982年巴黎举办的第一届人类白细胞分化抗原国际工作坊与讨论会(HLDA)上开始用CD系统命名的时候,就有台下的朋友说:这老师的知识储备可以啊,年纪轻轻的。

历史背景2

时间过的是那样的快,每一次都是在和不同的人讲课,有不同的感受。我还是那个不断触摸自己知识边界的少年,面露惭色地面对新的知识领域,向着青草更青处漫溯。

懦夫从不启程,
弱者死于途中,
只剩我们前行,
一步都不能停。
<狗鞋>



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