科学网

 找回密码
  注册
搜索
热搜: 科学 论文
搜索
Endnote:在 (author,year)与author(year)之间自由转换
郭军 2017-11-24 10:03
好久没发博文了,今天来除草 写文章时,如果主语是引用文献作者,期刊编辑一般要求是作者(年)格式,如“ Ragognetti etal. (2015 ) found that the heritability of tibia length was .....而不是“ Ragognetti et al. found that the heritability 。。。(Ragognetti et al. 2015) ”。问题是 ...
个人分类: 其它|2024 次阅读|没有评论
计算蛋总重
郭军 2017-1-19 14:29
计算蛋总重(egg mass)是一项耗时费力的工作,需要每周平均蛋重(egg weight or egg size)乘以周产蛋数,然后累加。本文介绍两个小技巧,用于蛋总重计算。 1. 内插法补齐缺失记录,或者预测新插点数值。 完美生产记录可遇而不可求。有的个体缺失蛋重记录,有时缺少整周蛋重记录。对于这些只有产蛋记录的个体,可 ...
个人分类: 遗传评估|1942 次阅读|没有评论
畜禽遗传评估(3)显性遗传效应
郭军 2016-11-21 20:59
剖分显性遗传效应的意义在于:A.准确估计遗传力。部分显性遗传效应混杂于加性遗传方差之中,影响遗传参数估计及育种值排序。B. 利于配套系选育。如果性状的显性效应利于产品升值,比如蛋鸡的蛋重,可以放在父系选育。这样,不仅节约生产成本,商品代蛋重也得到改善。畜禽育种规划传统方法通常只考虑加性遗传效应,因为加 ...
个人分类: 遗传评估|1889 次阅读|没有评论
利用plink转换AGCT为1234
郭军 2016-11-19 11:49
我的博文主要是分享一些数据处理技巧,并非真正的知识。等到有了大块时间,再与大家共享值得记忆的知识。 做GWAS分析时,多需要haploview 获取linkage disequilibrium参数。这是一项烦躁的工作,需要将AGCT逐个替换成1234。偶然间,发现plink有一个命令可以直接转换输出序列为1234格式。 这个命令就是 【--allele1 ...
个人分类: 序列编辑|1637 次阅读|没有评论
Genbank 批量查找snp信息
郭军 2016-10-31 14:39
最近忙于GWAS结果整理,茶饭吃起来都不香。屋漏偏逢连夜雨,Genbank偏偏把鸡基因组数据更新到5.0,要知道 Affymetrix给我的可是4.0版数据。为了方便读者,我的文章应提供基于5.0版的结果。好在我利用半天时间找到ncbi提供的批量转换snp入口: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/batchquery.html 页面最下端不显 ...
个人分类: 序列编辑|1999 次阅读|没有评论
畜禽遗传评估(2)母体遗传效应
郭军 2016-10-6 10:33
畜禽一些重要经济性状,比如体重,受母本遗传效应影响。母体遗传方差占比较小,然而如果不将其从表型方差中剖分,会导致加性遗传方差估值偏高,进而影响育种值排序。 解析母体遗传效应的模型比较简单,唯一值得考虑的是母体遗传与加性遗传是否存在协方差。有的学者认为,两者之间的协方差是统计误差或群体层化,可以忽 ...
个人分类: 遗传评估|1899 次阅读|没有评论
畜禽遗传评估(1)两性状随机回归模型
郭军 2016-9-20 16:05
有些性状可以重复测量,例如身高,可以每隔半年测一次,也可以每天测一次,只要你不嫌烦 这类多次测量的性状称为动态性状,也称经向性状(longitudinal traits)。动态性状在统计处理时以自身为对照,利于减少环境误差、提高统计效率(power)。畜禽遗传评估时经常遇到动态性状,例如奶牛产奶量、蛋鸡产蛋数、山羊绒长度、 ...
个人分类: 遗传评估|1872 次阅读|没有评论
R: 遗传相关系数
郭军 2016-9-14 14:26
【cov2cor】,以前用过这个命令,今天想用时忘记了,把R和matlib折腾半天,没有结果 只好在excel手动计算,太费事。 网上搜索,在wiki重新得到这个命令。 顺便鄙视baidu,太垃圾,还是google好。
个人分类: R|1445 次阅读|没有评论
以ggplot2绘制GWAS中染色体遗传力与长度回归图
郭军 2016-1-6 15:11
script如下: data - read.table(chrome_bs.csv,header=T,sep=,) #csv文件有标题行,至少含两列数据染色体长度(size)和染色体遗传力(h2) library(ggplot2) tiff(chrome_bs.tiff,height=1600,width=2400,res=300,compression=lzw) ggplot(data,aes(gene,bs))+geom ...
个人分类: R|2084 次阅读|没有评论
福昕的搜索功能真强啊
郭军 2015-5-21 14:33
据传,福昕曾被列入不安全软件,于是一段时间将其闲置一旁。今天发现福昕PDF阅读器搜索功能很强大,可以搜索指定文件夹内所有pdf文件,真的不错!
1331 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2020-9-30 05:30

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部