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Amber构建脂分子的方法
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2017年04月05日 19:23:46
【按】以下翻译自Amber 16手册.
13.6.2 使用GLYCAM-06参数构建脂分子遵循这里讲述的步骤, 用户可以得到一个简单的脂分子, 但在构建过程中我们没有考虑它的轴向排列情况. 脂双层通常放置在直角坐标系统的(x, y)平面内, 这要求每个脂分子以从亲水”头”端到憎水”尾”端的顺序沿z方向排列. 通过载入已经沿z轴正确排列好的模板PDB文件, 这容易完成.
本例中我们使用的脂分子是二肉豆蔻酰磷脂酰胆碱(1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine), 或简称DMPC, 它由四个片段组成: 胆碱头基CHO, 磷酯头基PGL, sn-1链肉豆蔻酸尾基MYR, sn-2链肉豆蔻酸尾基MY2. 分子结构与原子编号如图13.3(为清晰起见, 未显示氢原子和原子电荷), 其中残基间的成键点以虚线表示. 本教程将只使用每个片段prep文件. 这些prep文件开始是pdb格式, 然后使用antechamber将其重新格式化为prep文件, 并添加了与GLYCAM兼容的电荷. prep文件数据库(GLYCAM_lipids_06h.prep)中已经包含了四个残基的相关文件.
13.6.2.1 示例: 使用LEaP构建脂分子为了使用GLYCAM-06参数集构建一个脂分子, 你不需要加载整个GLYCAM pre文件, 但当使用默认的leaprc.GLYCAM_06j-1时它会自动载入. 注意, 使用下面的命令构建的脂分子还没有沿需要的方向对齐, 可能无法马上用于创建脂双层. 具体命令如下
sourceleaprc.GLYCAM_06j-1#sourceGLYCAM-06的leaprc文件
loadamberprepGLYCAM_06_lipids.prep#加载脂的prep文件setCHOtailCHO.1.C5#CHO的尾原子设为C5setPGLheadPGL.1.O1#PGL的头原子设为O1setPGLtailPGL.1.C3#PGL的尾原子设为C3lipid=sequence{CHOPGLMYR}#生成脂的直链部分setlipidtaillipid.2.C2#PGL的尾原子设为C2lipid=sequence{lipidMY2}#将MY2添加到"lipid"部分
imposelipid{2}{{C1C2C3O1163}}#设定扭转角
imposelipid{2}{{C2C3O1C1-180}}#PGL&MYR
imposelipid{2}{{C3O1C1C2180}}
imposelipid{2}{{O4C1C2O1-60}}#设定扭转角
imposelipid{2}{{C1C2O1C1-180}}#PGL&MY2
imposelipid{2}{{C2O1C1C2180}}#注意上面设定的扭转角数值可能不是最佳值
savepdblipidDMPC.pdb#保存pdb文件
saveamberparmlipidDMPC.topDMPC.crd#保存top和crd文件
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