今天，听了一个来自Exelixis（http://www.exelixis.com/about_history.shtml）高级科学家的报告，报告主要介绍了他们基于反向遗传学进行基因功能发掘系统的组成和应用。他们以这一套系统为基础，以拟南芥为分析对象，通过插入构建增强子、knock out ，超高量表达系统，对拟南芥的2万5千个基因都构建的突变体。以这些突变体为材料，挖掘了大量基因的功能。他们工作的高效，让我印象深刻。我觉得，要想做应用基础研究，不能急于求成，要把相应的基础建立好，比如说，做了一把芯片，就要发行成百上千的有用基因。应用基础研究应该是一项系统的工作，需要把各种方法有机综合起来一起进行。根据Exelixis的报告，对于生物学的应用基础研究来说（作物）应该包括：
（1）高效的材料构建、获取、筛选方法和策略，只有这样，我们才能进行长期系统高效进行研究。研究材料的搜集包括：自然变异材料的搜集，这对国际上的大种子公司很有用。而对于一些新进入的公司则以创造材料为主。一句话来说就是：有材料要进行系统基础研究，没有材料就是创造材料也要进行系统的基础研究。
（2）成熟的性状分析系统，这些系统包括气象色谱、液相色谱仪等。以后性状的考察和筛选方向肯定是往细的方向发展，像目前所关注的株高、产量等将有可能被基于代谢组学的组分含量等性状所代替而成为主流。这里，我暂称之为新一代的性状考察技术。
（3）要有成熟的数据分析系统。这些系统包括数据的高效录入、高效管理和分析展现，更重要的是要有强大的数据整合能力。能把DNA水平的，转录组水平的，代谢组水平的，蛋白质组水平的，田间试验数据的，不同年份株系的表型数据等整合起来一起进行分析。

从技术的角度来说，做作物的应用基础研究应该有这三大成熟的技术：
（1）高效的转基因技术，这样就可以对发掘的基因进行功能的验证等研究，把新发现的基因导入作物里从而成为有用的新育种材料
（2）高效的组培技术，才能在更短的时间里培养出符合要求的材料，这些材料不管是从转基因来的，还是通过杂交或融合而来的。
（3）高效的标记筛选技术，最好有robot进行全自动的基因标记筛选工作。

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