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这个星期在加州访问了几个地方:先是在圣地亚哥访问Genoptix, BioLegend, 然后去旧金山访问ThermoFisher, Illumina,Roche, BD, 最后是UCSF。目的是商业合作(投资并购,市场研发)和科研项目合作。
ThermoFisher有他们自己的高通量测序平台,Ion Torrent. 我们研发的试剂是兼容的,在他们的技术平台上结果也不错。因为他们对免疫组测序还不是很了解,我准备了下面这张幻灯片概括介绍一下,重点是说,都是高通量测序,遗传学研究和免疫组研究到底有哪些异同:
两者都是通过比较病人群体和正常对照组来寻找疾病信号;遗传学是反复测已知的基因组找突变,而免疫组测序每个标本都不同;遗传学研究基因组大小,SNPs数目都是固定的。免疫组则未知;基因组生下来就不变了(体细胞突变除外),免疫组则每天都在更新;遗传学研究的是基因型,免疫组更接近表现型;遗传学研究偏重生理,免疫学则注重病理(不是病免疫系统就不关心);遗传学研究是突变和代谢途径的关系,免疫组的研究目的是寻找可以帮助诊断的生物标记物;遗传学研究的结果可以用来推测未来患某种疾病的可能性,免疫学则研究今天的健康和疾病状况;遗传学研究是一个很好的基础科研工具,免疫组研究更接近临床。
所有这些差别实际上都是因为两者几本假设的不同:遗传学认为所有表现型(疾病)都有相对应的基因型改变,所以疾病诊断信号可以在基因组中找到;而免疫组研究则认为所有疾病都有相关抗原表达变异,所以可以通过查特异性T或者B细胞受体来诊断。
前几年的热门技术GWAS烧掉了很多钱,可是能用于临床诊断的SNPs几乎没有,顶多是“增加将来患病机率”。也许,这条路本来就走不通?打个比方,你在路边看到了一个出事故的车,是设计和生产的问题(遗传),还是路况不好或者酒驾导致的(环境)?
前几年美国政府逼迫丰田公司召回Toyota车,因为有消费者报道说汽车会无缘无故加速,停不下来,导致车祸。可是汽车公司怎么查都找不到原因,绝大多数车都没有问题,很难说是设计的问题。无端加速的问题也重复不出来。很难说不是驾驶者或者和驾驶环境(天气,路况)有关。
GWAS海量筛查病人,结果许多常见病还是没有找到什么特异性信号。或许就和汽车事故一样,不是设计制造的问题,而是使用不当或者自然老化的问题。如果是那样,免疫组测序或许就更容易找到信号了。
遗传是命,环境是运。命中注定的难改,运气我们还有些把握的机会。
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GMT+8, 2024-12-23 16:29
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