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图论与网络拓扑学

已有 2413 次阅读 2013-9-26 10:01 |个人分类:2013|系统分类:科普集锦|关键词:拓扑生物学,网络生物学| 网络生物学, 拓扑生物学

- 系统医学意在何处?(4

童年在山水和花卉、树丛里度过,到了初中才算真的读书,那时,已经是科学的春天到来。大学时代,遍历式翻阅图书,整体上把握知识地图,从而,寻求自己的坐标点,实际上,一生的价值观已经在1972年印迹在心里了,即,探索2个问题:

1)科学方法论 科学的历史、哲学和社会学;

2)社会伦理学 宗教的文化、艺术和精神;

3)中国的发展 环太平洋文明,经历1)探讨实验与系统科学范式,2)考证轴心文化和文明模式版本,科学上康德、艺术上塞尚开始综合东西方思想,而3)设想实现现代化的方案。

其中,中国传统,擅长实践理性的形象思维和类比推理,欧洲传统,擅长思辨理性的抽象逻辑和分析推理等,而科学方法是分析与综合、思辨与实践的整合。

典型例子,“五行”,在中国偏重于元素之间的关系图式(pattern),在欧洲在于分析原子的物质实体(matter);但是,生物学的发展过程,从形态分类、胚胎发育和生物进化等研究开始,就以图像、结构、关系、路径和网络等为特征,体现为图论、拓扑学的数学模型方法等。

因而,形式神经元、神经网络、内分泌系统和血管、免疫网络,细胞通讯、信号传导和代谢系统、基因调控网络等,一直贯穿于20世纪生物医学的生物系统分析与人工生物系统合成研究的历史。

系统生物学体现为以方法分类为特征的5大学派,系统遗传学是系统医药学的逻辑延伸。系统遗传学,要研究的是生物进化与发育和疾病发生的机理,也是对转基因动物的单基因转移技术、分子遗传学的“单基因-单蛋白质”信息传递的研究方法反思。

系统遗传学是否分类学和进化论研究的路径分析?是否数量性状研究?在提出系统遗传学之后,就想到可能将会有科学家将这称之为,也可以联结在一起。

系统遗传学研究,确实以树枝结构、路径分析为方法,也确实要解决数量遗传学、表观遗传学和遗传变异(genetic variation等问题;但是,却并非系统遗传学发展的核心方向和主要目标。

因此,至此,包括,系统遗传学的细胞动力学、合成生物学的工程生物学研究等,系统生物学进入的仍然只是V2.2版本。

-V3系统生物学 将系列评述系统生物学人物的观点)-



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