4. SNP annotation

提取完SNP和InDel后，最关键的是要对这些SNP和InDel的功能注释，功能注释我选择用的是SNPeff，当然你也可以用其他的一些注释工具，SNPeff应该是支持最为广泛的一种。

•SNP annotation use SNPeff

SNPeff可以从以下链接下载http://snpeff.sourceforge.net/，并根据说明安装，SNPeff已经有了基本所有测序物种的注释文件和数据库，不需要额外安装数据库。当然，对于用户也可以根据自己需要安装个性数据库，关于SNPeff的具体使用，我会在其他的学习材料中说明。

•1). SNP and InDeldistribution on Chromosomes.

•2). SNP effect prediction.

bgzip -c BR.final.SNP.recode.vcf > BR.final.SNP.recode.vcf.gz &&

tabix -p vcf BR.final.SNP.recode.vcf.gz

cat BR.final.SNP.recode.vcf |

java -Xmx6g -jar ~/snpEff/SnpSift.jar

filter "( na FILTER ) | (FILTER = 'PASS')"

| bgzip -c > hq_BR.final.SNP.recode.vcf.gz &&

tabix -p vcf hq_BR.final.SNP.recode.vcf.gz

vcf-stats BR.final.SNP.recode.vcf.gz -p vcf_stats_BR.final.SNP.recode.vcf.gz/

vcf-stats hq_BR.final.SNP.recode.vcf.gz -p vcf_stats_hq_BR.final.SNP.recode.vcf.gz/

bcftools stats BR.final.SNP.recode.vcf.gz >BR.final.SNP.recode.vcf.gz.check

plot-vcfstats BR.final.SNP.recode.vcf.gz.check -p BR.final.SNP.recode.vcf.gz.plots/

bcftools stats hq_BR.final.SNP.recode.vcf.gz >hq_BR.final.SNP.recode.vcf.gz.check

plot-vcfstats hq_BR.final.SNP.recode.vcf.gz.check -p hq_BR.final.SNP.recode.vcf.gz.plots/

java -Xmx4g -jar ~/snpEff/snpEff.jar -v SGA.v.1.01 hq_st18_tra.vcf.gz > st18_tra.eff.vcf

java -Xmx32g -jar ~/snpEff/snpEff.jar  -v brassica.napus hq_BR.final.SNP.recode.vcf.gz > BR.final.SNP.recode.eff.vcf -stats BR.final.SNP.recode.eff.html -csvStats BR.final.SNP.recode.eff.csv

•3). Slide window of the number of SNP andInDel.