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Bulk sequencing for QTL analysis pipeline 5-BSA 分析方法总论

已有 4008 次阅读 2017-4-27 21:08 |系统分类:科研笔记

2017-04-24 Little frog

•基于SNP-index的分析方法

基于SNP-index的策略主要是日本IwateBiotechnologyResearch Center的一个团队创立,其中也取得了一些出色的工作。他们开发出了MutMapAbe,A. et al., 2012)、QTL-seqTakagi,H. et al., 2013)、MutMap+R Fekih etal., 2013)、MutMap-GapTakagi,H. et al., 2013)等,在后面我们会分别讲到他们的原理和怎么使用他们。

•BSR-seq

BSR-seq基于Bayesian方式来来计算SNP标记和目的基因之间的重组概率。同时采用混合RNA测序,可以大大的降低费用,也能获得比较好的定位效果。

PoPoolation2

PoPoolation2通过比较两个混合群体SNP的频率,从而对两个群体进行候选基因定位, 这个方法也可以用于GWAS分析。

G分布预测群体QTL

这个方法是最早的在植物里面应用BSA方法鉴定QTL,被Paul等2011年发表在 Plos Computational Biology,似乎后面实际应用并不是很多。




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