python切换工作路径

胡涛 2021-6-27 20:42

python切换工作路径 importos os.chdir() print(os.getcwd()) 例如 importsys,os #changedirectoryto19-30 foriinrange(19,31): os.chdir(str(i)) #print(os.getcwd()) #backtotheupperdirectory ...

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python复制文件shutil.copy()

胡涛 2021-6-27 17:25

使用python脚本做一些shell的活 从其他路径复制文件到当前目录，程序copy.py importshutil shutil.copy('../afm2/vasp.pbs','./vasp.pbs') 执行程序 pythoncopy.py 或者copy.py写成 importshutil shutil.copy('../afm2/vasp.pbs','./') 也可以。 将一个文件 ...

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多层次优化pbs脚本

胡涛 2021-6-27 15:54

在SK1000使用pbs脚本进行Coarse-fine-accurate三个层次优化计算。 准备vasp.pbs脚本： #!/bin/bash #PBS-lnodes=1:ppn=40 #PBS-joe #PBS-V #PBS-lwalltime=01:00:00 #PBS-NCr2B2H2 ###Setintelenvironment### source/opt/intel ...

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[转载]文件末尾出现^M的原因

胡涛 2021-6-26 14:45

在开发过程中，有时候Linux系统中文件行末尾出现^M，对于不同系统，有不同的换行符号： 在windows下的文本文件的每一行结尾，都有一个回车(’\n’)和换行(’\r’) 在linux下的文本文件的每一行结尾，只有一个回车(’\n’); 在Mac下的文本文件的每一行结尾，只有一个换行(’\r’); 因此：^M出现的原因 ...

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自动判断+固定坐标小程序fixsub.py

胡涛 2021-6-26 14:42

为了把自己从体力劳动中解放出来，准备写一段程序准备计算的文件。先考虑Shell，后来还是用python写了。 留做备忘： importsys f=open('POSCAR','r+') lines=f.readlines() printlines #judgethec3valueandmark ...

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NEB计算优化器的选择

胡涛 2021-4-6 09:53

阅读NEB手册，补充一个提高过渡态搜索效率的知识。 NEB计算时VASP的优化策略最好关闭，使用vtst的优化器。见帖子 http://blog.sciencenet.cn/blog-671981-621337.html 。使用VASP的优化器优化，力的收敛困难。使用Quick-Min方法能比较快收敛。 SYSTEM=xx ...

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