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使用awk实现:二代测序文件fastq转换为fasta格式
热度 1 余慷 2014-8-13 10:34
方法1 awk '{if(NR%4 == 1){print substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq fasta 方法2: awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^ /,);print}; if(P==4)P=0; P++}' fastq fasta 推荐使用方法1,方法2可能会有缺陷 ...
个人分类: perl|17085 次阅读|1 个评论 热度 1
perl printf打印数字时,如果位数不足,前面用0补齐
余慷 2014-8-12 12:04
个人分类: perl|11470 次阅读|没有评论
perl cpan设置
余慷 2013-6-17 21:18
刚开始使用cpan时,需要先进性设置各种参数; 如果是普通用户,其中需要注意的是设置安装module的文件夹,文件夹前缀如/home/kyu/local/perl; 使用o conf commit将更改的设置保存; 以后再使用cpan安装module时就自动安装在 /home/kyu/local/perl下了,而不会出现因为没有root权限而无法安装的结果
个人分类: perl|2548 次阅读|没有评论
使用perl将当前目录中子目录下的相应文件拷贝到一个文件夹中
热度 1 余慷 2012-11-23 13:34
对于分类的文件夹下又有子文件夹,如果要将所有子文件夹下的相应文件取出来,通过切换文件夹,不断Ctrl+C和Ctrl+V是一种让手疼的办法。而用perl就只要将下面的脚本放到当前文件夹下,在命令行中执行就可以替代手疼的方法。下面是代码,希望高手们有更好的方法和大家分享。 ############################# #!/us ...
个人分类: perl|10617 次阅读|1 个评论 热度 1

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