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Perl代码| 读书随想| 论文阅读| 生物信息学| 方法总结| troubleshooting|

grep -c 用于过滤统计: 李雷廷 2015-10-22 09:03; 在Linux操作系统下处理数据时，经常会遇到需要统计一下一个文件中有多个条基因序列，或多少个基因名称的情况。一般情况，最简单直接的方式是利用Linux自带的命令grep和wc来统计，比如统计一个FASTA文件中有多少条序列： cat input.fasta | grep '' | wc -l 或者统计一个文件中有多少个拟南芥的基因： ...; 5421 次阅读|没有评论

GitHub的Wiki是单独的repository: 李雷廷 2015-10-21 09:28; 对于想做一个致力于追踪内容，并在线发布的网站来说，通过git来管理是最佳的选择。用git来管理网站，可以记录下每次修改的内容，也就知道什么时候对内容做了什么更新，并总是在网页上展示最终结果。比如，做一个已发论文的网页，当有新的论文需要增加时，可以commit到repository，这样会有一个很好的记录。 GitHub具有一 ...; 8183 次阅读|没有评论

一种利用脚本在Linux下运行命令的方式: 李雷廷 2015-10-20 11:28; 一般情况下，在Linux下运行程序有两种方式： 1）直接在终端输入Linux命令，一次运行一个命令 2）把多条Linux命令写到一个脚本中，直接运行脚本对于第一种情况，其优点是快速得到结果，无需额外的考虑；缺点是命令的复用性较差，且查看已经运行的命令，及命令之间的逻辑关系不易。对于第二种情况，其优点是程序复 ...; 2606 次阅读|没有评论

怎样判断newick格式的进化树是有根树，还是无根树？: 热度 1 李雷廷 2015-10-9 09:52; ［有时通过构建进化树的软件获得进化树后，软件不会对进化树是有根树，还是无根树做说明。在不做额外编写脚本的基础上，其实可以直接从newick文件的内容格式上区分有根树和无根树］假设有下面三种形式的进化树： (a, b, c); 无根树 (a, b, c):1; 有根树 ((a,b),c); ...; 19975 次阅读|1 个评论热度 1

Linux下利用Find命令查找大文件的方法: 李雷廷 2015-10-8 15:53; ［Linux下的Find命令具有很强大的功能，合理利用可以节省额外编写脚本的时间。］利用find命令查找大于某个标准的文件并利用ls命令列举出来： find {/path/to/directory/} -type f -size +{size-in-kb}k -exec ls -lh {} ; 上述命令的-type f的意思只查找文件，忽略文件夹等其它类型，-size是确定文件大小， ...; 3492 次阅读|没有评论

2011年Cell和Nature Medicine上两篇关于屠呦呦工作的文章: 李雷廷 2015-10-6 19:51; 据说，屠呦呦得诺贝尔奖与两位美国科学家的推荐有关，分别是Louis H. Miller和Xinzhuan Su。文中说二人于2010年开始推荐屠呦呦到诺贝尔奖和拉斯克奖，并在得到拉斯克奖认可后在Cell发表了一篇介绍屠呦呦的文章。Cell的影响因子和影响力使得屠呦呦广为人知。那么这篇论文到底写了什么呢？ Cell期刊在146卷第6期，2011 ...; 5765 次阅读|没有评论

利用云存储时时备份你的重要数据: 热度 1 李雷廷 2015-9-29 00:18; 不止一次的听说这样的悲剧：电脑坏了硬盘读不了数据了，修改的论文没了，只能从邮箱里找一个旧的版本，重新来过。重要的数据要备份，这是现在的研究生必须具备的一个常识。那么问题来了，怎么备份呢？主要有两种方式：硬盘备份云存储备份如果你用的OS X操作系统，请注意你电脑上的Time Machine那个软件， ...; 3538 次阅读|1 个评论热度 1

怎样做一个自己实验室的网站（三）DNS和CDN: 李雷廷 2015-9-27 21:12; 假设你自己申请了一个域名，在你自己的服务器（购买的VPS或自己实验室的服务器）上利用Wordpress之类的内容管理系统做了一个网站，下面需要考虑的就是 DNS (Domain Name Server)和 CDN (Content Diliver network)。 DNS（域名系统）的作用是把域名和网页服务器关联起来，也就是用来指定一个域名的真实服务器地址。在购买 ...; 3376 次阅读|没有评论

怎样做一个自己实验室的网站（二）域名: 热度 1 李雷廷 2015-9-26 17:42; 要做一个自己实验室的网站，除了要考虑内容存储和网站建设，还要考虑网站的网址。因为网址一旦确定，一般不做修改，否则不利于搜索引擎检索。首先介绍一下网址的组成：三级域名.二级域名.顶级域名/网站内容地址。常用的顶级域名是.com, .org, .net等，一般个人可以付费注册除edu和gov的任意二级域名。除了被人注册过 ...; 6130 次阅读|1 个评论热度 1

中美实验室名称对比: 热度 3 李雷廷 2015-9-24 16:16; 美国科学家的实验室名称有一个特点，好多都是用PI的姓作为实验室的名称的，比如庄小威教授的实验室叫Zhuang Research Lab ( http://zhuang.harvard.edu )；刘小乐教授的实验室名字叫X. Shirly Liu Lab（ http://liulab.dfci.harvard.edu ），或者简称Liu Lab；龙漫远教授的实验室名称为The Manyuan Long Laboratory（ http ...; 13594 次阅读|3 个评论热度 3

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