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Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)
热度 1 2014-7-20 22:05
Fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基(或氨基酸)质量的文件格式。最初由桑格研究所( Wellcome Trust Sanger Institute )开发出来,现已成为存储高通量测序数据的事实标准。以Illumina Casava 1.8+ 的fastq格式为例,fastq格式的形式如下: 每条序列由4行字符表示,上述样例显示有两条序列: ...
个人分类: Bioinformatics|36657 次阅读|1 个评论 热度 1
把CDS批量翻译为蛋白序列
热度 3 2014-3-20 22:06
batch translate nucleotide to protein 该脚本用于把fasta格式的CDS按标准密码子表翻译为蛋白质序列,使用方法为(电脑要安装perl): perl cds2prot.pl cds_file.fasta protein.fasta perl cds2prot.pl cds_file1.fasta cds_file2.fasta cds_file3.fasta protein.fasta cds2prot.pl
个人分类: Bioinformatics|16163 次阅读|4 个评论 热度 3
phred33 or phred64
热度 1 2013-7-20 00:06
已作更新,fastq格式的详细说明和判断phred33或phred64的perl脚本请参见新博文: http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=630246do=blogid=813262
个人分类: Bioinformatics|11972 次阅读|2 个评论 热度 1
Perl中数组&哈希的使用
2012-10-4 13:57
一、数组 1.创建 a.普通数组的创建:@array = qw /a b c/; @ array= ( "a","b","c" ) ; @array=(1,2,3); b.匿名数组的创建: $ array_ref = ; $array_ref= ; 数组的引用的创建:$array_ref = /@array; c.使用slice方法创建:@array = @array_all ; @array=(split ...
个人分类: Perl|9686 次阅读|没有评论

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