博文

Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)

热度 1 2014-7-20 22:05

Fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基（或氨基酸）质量的文件格式。最初由桑格研究所（ Wellcome Trust Sanger Institute ）开发出来，现已成为存储高通量测序数据的事实标准。以Illumina Casava 1.8+ 的fastq格式为例，fastq格式的形式如下： 每条序列由4行字符表示，上述样例显示有两条序列： ...

个人分类: Bioinformatics|36228 次阅读|1 个评论 热度 1

把CDS批量翻译为蛋白序列

热度 3 2014-3-20 22:06

batch translate nucleotide to protein 该脚本用于把fasta格式的CDS按标准密码子表翻译为蛋白质序列，使用方法为（电脑要安装perl）： perl cds2prot.pl cds_file.fasta protein.fasta perl cds2prot.pl cds_file1.fasta cds_file2.fasta cds_file3.fasta protein.fasta cds2prot.pl

个人分类: Bioinformatics|15886 次阅读|4 个评论 热度 3

phred33 or phred64

热度 1 2013-7-20 00:06

已作更新，fastq格式的详细说明和判断phred33或phred64的perl脚本请参见新博文： http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=630246do=blogid=813262

个人分类: Bioinformatics|11877 次阅读|2 个评论 热度 1

Perl中数组&哈希的使用

2012-10-4 13:57

一、数组 1.创建 a.普通数组的创建：@array = qw /a b c/; @ array= ( "a","b","c" ) ; @array=(1,2,3); b.匿名数组的创建： $ array_ref = ; $array_ref= ; 数组的引用的创建：$array_ref = /@array; c.使用slice方法创建：@array = @array_all ; @array=(split ...

个人分类: Perl|9573 次阅读|没有评论

本页有 3 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏