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Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)
热度 1 揭文才 2014-7-20 22:05
Fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基(或氨基酸)质量的文件格式。最初由桑格研究所( Wellcome Trust Sanger Institute )开发出来,现已成为存储高通量测序数据的事实标准。以Illumina Casava 1.8+ 的fastq格式为例,fastq格式的形式如下: 每条序列由4行字符表示,上述样例显示有两条序列: ...
个人分类: Bioinformatics|36658 次阅读|1 个评论 热度 1
把CDS批量翻译为蛋白序列
热度 3 揭文才 2014-3-20 22:06
batch translate nucleotide to protein 该脚本用于把fasta格式的CDS按标准密码子表翻译为蛋白质序列,使用方法为(电脑要安装perl): perl cds2prot.pl cds_file.fasta protein.fasta perl cds2prot.pl cds_file1.fasta cds_file2.fasta cds_file3.fasta protein.fasta cds2prot.pl
个人分类: Bioinformatics|16164 次阅读|4 个评论 热度 3
phred33 or phred64
热度 1 揭文才 2013-7-20 00:06
已作更新,fastq格式的详细说明和判断phred33或phred64的perl脚本请参见新博文: http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=630246do=blogid=813262
个人分类: Bioinformatics|11973 次阅读|2 个评论 热度 1

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