Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)

热度 1 揭文才 2014-7-20 22:05

Fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基（或氨基酸）质量的文件格式。最初由桑格研究所（ Wellcome Trust Sanger Institute ）开发出来，现已成为存储高通量测序数据的事实标准。以Illumina Casava 1.8+ 的fastq格式为例，fastq格式的形式如下： 每条序列由4行字符表示，上述样例显示有两条序列： ...

个人分类: Bioinformatics|37218 次阅读|1 个评论 热度 1

把CDS批量翻译为蛋白序列

热度 3 揭文才 2014-3-20 22:06

batch translate nucleotide to protein 该脚本用于把fasta格式的CDS按标准密码子表翻译为蛋白质序列，使用方法为（电脑要安装perl）： perl cds2prot.pl cds_file.fasta protein.fasta perl cds2prot.pl cds_file1.fasta cds_file2.fasta cds_file3.fasta protein.fasta cds2prot.pl

个人分类: Bioinformatics|16466 次阅读|4 个评论 热度 3

phred33 or phred64

热度 1 揭文才 2013-7-20 00:06

已作更新，fastq格式的详细说明和判断phred33或phred64的perl脚本请参见新博文： http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=630246do=blogid=813262

个人分类: Bioinformatics|12121 次阅读|2 个评论 热度 1

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏