置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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肺部微生物群笔记

赵加栋 2018-2-9 15:21

摘要 ： 长久以来人们一直认为健康的人类肺脏是无菌的。然而近十年来越来越多的证据表明，尽管规模比口腔和肠道小得多，但健康肺部也存在着多样化的常驻菌群。肺组织的微生物群在很大程度上仍然是未知的，许多研究将肺部微生物群的改变与慢性肺病的发展关联起来，例如囊性纤维化 (CF) 或慢性阻塞性肺病 (COPD) 。不过 ...

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简易tcga下载脚本

赵加栋 2018-1-9 15:24

如果你不懂代码，不懂网站规则，那么最简单的就是UCSC xena 浏览器啦！！！网站；https://xenabrowser.net/datapages/ 看到微信公众号生信技能树的jimmy总结的如此有规律的下载地址链接，我尝试用python写几句脚本下载一下tcga数据。 1.尝试用爬虫获得所有疾病条目 尝试写爬虫发现网页需要javascript，暂时没有搞定 ...

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(译)flexbar3.0--单指令多数据（SIMD）和多核并行

赵加栋 2017-12-22 09:15

文章原文： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28541403 1.摘要 高通量测序仪可以一次运行处理多个样品。 对于Illumina系统中，测序reads分别用额外的DNA标签（barcode）标记。 因此条形码和接头序列的识别在下一代测序数据的分析中通常是需要的。 Flexbar根据barcode进行样本测序数据的修剪和分离。 现代 ...

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HLA-NGS数据处理2--HLA-HD, HLAssign两个软件的使用

赵加栋 2017-12-3 15:57

之前测试了一下使用humanlongevity(文特尔的人类长寿公司)在github上开源的xHLA算法来进行NGS数据的HLA分型，效果还不错，可以实现两位的分型，除了个别等位基因可能不全。 不前天用HLA Typing做关键词搜索了一下论文，发现日本的科学家开发了一款HLA-HD，也是今年发表的，号称可以实现6位分型，好奇心使我测试一下 ...

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SILVA数据库全库下载序列的处理

赵加栋 2017-11-10 08:52

处理用于QPCR引物设计的16S序列 最近在做肠道微生物的课题，搜索得知SILVA数据库是最近更新而且用的最多的，看网上的教程把其全库的序列下载了下来，没有比对的有200多兆，比对完的超过三个G，参考的那个微信公众号文章说只需要下载没有比对的，我还不信邪，把两个都下载下来了，一个解压后有3G，另一个有76g多，实在是 ...

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