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使用PhyML构建系统发育树

2011-7-17 17:05

使用 PhyML 构建系统发育树 熊荣川 六盘水师范学院生物系 xiongrongchuan@126.com 序列经比对后转化为 phy 格式（可以使用软件 clustalx ）。这里我们使用一个现成的序列文件来自 jModetest 软件包中的 example.phy (D:downloadBio tools softwares ...

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使用Modeltest筛选核苷酸替换模型

2011-7-17 15:54

使用 Modeltest 筛选核苷酸替换模型 熊荣川 六盘水师范学院生物系 xiongrongchuan@126.com 我们使用模型最全的 jModelTest.jar ，位置 D:downloadBio tools softwaresjmodeltest0.1jModelTest 0.1 package 这个软件的目的是挑选最适合我们所分析的序列文件中核苷酸替代 ...

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如何拼接12Sr rRNA、16S rRNA序列进行系统发育树构建

热度 1 2011-5-4 11:22

如何拼接 12Sr rRNA 、 16S rRNA 序列进行系统发育树构建 熊荣川 分子系统学经常使用 12Sr rRNA 、 16S rRNA 进行物种系统发育树的构建，分别使用任何一个，信息量都显得较小。因此，在两序列的具有的情况下，最好将两序列拼 ...

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使用clustalX软件截取序列片段的方法

2011-5-3 10:43

使用 clustalX 软件截取序列片段的方法 我们经常遇到需要截取一条基因序列中的一段进行分析，例如线粒体全序中的某个功能基因片段。通常我们使用序列编辑软件操作，但是除了操作方法繁琐意外，还容易出错。下面我们将介绍一种使用 clustalX 软件截取序列片段的方 ...

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在win7中如何复制文件存放路径

热度 2 2011-4-7 09:31

在 win7 中如何复制文件存放路径 熊荣川 很多时候，我们需要在我们的科研笔记中注明某个文件的存放路径以便以后查找，例如 D:ziliaozhuanyeJAVACOURSE 第一课 B 。在使用 win7 之前的 windows 版本时，我们只需找到目标文件，然后鼠标点选地址栏，复 ...

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【图解】一次性下载已知线粒体基因组中13个蛋白质编码基因序列

热度 1 2011-4-6 21:48

【图解】一次性下载已知线粒体基因组中 13 个蛋白质编码基因序列 熊荣川 在系统发育的相关研究中，常常会使用线粒体基因组序列。使用其中 13 个蛋白质编码基因构建系统发育树几乎已经成为线粒体基因组研究的惯用手段。那么在已经公布的线粒体基因组中如何又快又准确的 ...

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怎样通过基因的序列号查询标本的采集地点?

2011-4-2 10:50

怎样通过基因的序列号知道标本的采集地点？ 作者 熊荣川 以序列 AY607302 为例，首先打开 NCBI 首页………… 详见图解附件“ 怎样通过基因的序列号知道标本的采集地点.pdf ”

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Lipman方法估计两序列之间同义置换及非同义置换数

2011-3-31 14:51

Lipman 方法估计两序列之间同义置换及非同义置换数 熊荣川 编译 关键词：同义置换 非同义置换 Lipman 方法 前面我们讨论过计算两序列之间同义置换及非同义置换的经典方法—— Nei and Gojobori 方法 （ Nei et al. ， 19 ...

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同义置换和非同义置换率（dS/dN ratio）的估计

热度 1 2011-3-30 16:57

同义置换和非同义置换率（ dS/dN ratio ）的估计 熊荣川 编译 蛋白质编码基因中的核苷酸置换可能是同义置换也可能是非同义置换，前者不改变所编码的氨基酸，也称为沉默置换，后者则使所编码的氨基酸发生改变。通常绝大多数的非同义置换都会被纯化选择所淘汰，但是 ...

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