MD模拟中的热浴选择

宋永顺 2018-10-4 11:01

关于热浴： 以 LJ 系统为例，讲了各种热浴的表现： https://mp.weixin.qq.com/s/Bl7OhuNNXTnHxsf3xn67dA 我计算过一个多肽的例子： 对 protein G 的 seqC （序列 YDDATKTF in PDB ID 2GB1, capped with ACE and NAC ）分别用 Berendsen 和 Nose-Hoover 热浴模拟，在 opls-aa 力场下： 充 ...

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用随机过程模型研究DNA聚合酶的工作机制

宋永顺 2018-9-24 13:41

更多背景见： http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=485752do=blogquickforward=1id=1123379 DNA 聚合酶的聚合剪切过程可以看作一个随机过程模型： 考虑共聚反应： 若将 DNA 聚合酶聚合过程的 正确配对 和 错误配对 分别看作两种单体，则得到一个生命体内的共聚问题： 进一步 ...

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