密码子偏好性研究——密码子GC1/GC2/GC3

牛祥娜 2023-2-21 10:01

在密码子偏好性研究中，通常会利用密码子各个位置上的碱基含量来分析影响密码子偏好性的因素，如ENC-plot、ENC-plot、PR2分析等，建议大家在做这些分析之前先了解一下各个分析的原理，最好看看原始的文献，这样才能知道具体选用什么数据去分析了，在一些文章中有点囫囵吞枣，随便捡个数据就来分析了，研究还是要讲究严谨 ...

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密码子偏好性研究—常见指数

牛祥娜 2023-2-21 09:56

背景知识 1. 密码子在生物体遗传信息的mRNA到蛋白质的传递过程中起着关键作用，编码20种不同氨基酸的密码子共61种，其中2种氨基酸（Met和Trp）由一种密码子编码，18种氨基酸由2种或2种以上的 同义密码子（synonymous codon） 编码，这种现象称为 密码子简并性（Degeneracy） ，同义密码子通常只在第三位碱基上不同（ ...

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密码子偏好性分析利器—— codonW

牛祥娜 2023-2-21 09:53

本篇文章将同时介绍codonW在 windows和linux 两种系统下的版本安装和使用，二者的安装不同，打开方式也不同，但使用方法是一样的。 下载与安装 Linux版本： 直接用conda安装，输入命令就可以。 conda install codonw 使用命令codonw，进入如下界面： ​ windows版本： 在windows中说是软件， ...

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密码子偏好性研究之PR2分析

牛祥娜 2023-2-21 09:44

PR2分析，全称为parity rule 2，有的人也叫奇偶偏好分析，是研究密码子偏好性影响因素中常用的分析之一，其他的分析还有Neutrality curve（中性绘图）、ENC plot、COA（Corresponding Analysis）等，全套内容可以点击查看我们的课程。 【课程】遗传密码子偏好性研究 】 今天我们来讲讲PR2分析 PR2分析通过 A3S ...

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