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windows系统下lammps安装及运行
热度 1 周龙 2020-12-28 18:57
LAMMPS 安装及运行手册 1. LAMMPS 安装 (1) 单核串行安装 搜索 lammps 官网 https://lammps.sandia.gov/ ,点击 Download 进入下载界面。 因为是在 windows 系统上安装 LAMMPS ,所以我们选择 Pre-built Windows executables 进行下载。进入到 ...
个人分类: lammps|5588 次阅读|2 个评论 热度 1
[转载]VMD-合并模型与生成data文件
周龙 2020-12-27 22:11
一.data文件的生成 1.XX.data.file 2.选定位置生成data文件,Tk控制台命令如下:topo writelammpsdata XX.data #此生成的data文件不包含键能,键长,键角的信息,需要自己参考文献,手动输入。 #在使用时加入-ignore参数就可以自己输入了。
955 次阅读|没有评论
[转载]MS--data文件
周龙 2020-12-27 22:08
1.从美国矿物数据库下载矿物CIF(有晶格) 2.晶胞CIF导入MS 3.选择display style中的ball and stick视图 4.手动指定每个原子力场类型 edit-atom selection-按元素选(比如选好H)——先选不用区分类型的元素,再逐一选其他元素 View-Explorers-Properties Explorer-Filter选atom-改Forcefield Type ...
个人分类: lammps|1226 次阅读|没有评论
[转载]分子模拟定义及方法
周龙 2020-12-27 22:05
分子模拟定义及方法 将一定数量的分子输入计算机内进行分子微观结构的测定和宏观性质的计算。按照获得微观态的方法不同,分子模拟可以分为: 1.Monte Carlo蒙特卡罗方法,MC:1.构型平均,不包含动力学部分;2.利用概率行走产生微观态。 2.Molecular Dynamics分子动力学,MD:1.时间平均,产生动力学性质;2.利 ...
个人分类: 分子动力学|1348 次阅读|没有评论
[转载]lammps计算的应力
周龙 2020-12-26 16:58
lammps计算的应力有两种: 一是体系整体的应力状态,通过在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段可将给定时间步(由thermo N命令所指定)的体系应力值输出,再求时间平均即可(实际上求出的是压强张量,即负的应力值); 该应力的计算用的是统计力学里的Virial定理(参见Computer simulation o ...
个人分类: lammps|1706 次阅读|没有评论
[转载]常数和转换单位
周龙 2020-12-25 15:25
常数和转换单位(Constants and Conversion Units) constant value h (Planck's constant) 6.6260755*10 -34 J s k B (Boltzman's constant) 1.380658*10 -23 J K -1 N A (Avogadro's number) 6.0221367*10 23 mol -1 c (speed of light) 2.9979245 ...
个人分类: lammps|859 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2021-12-2 15:33

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