今天在ubuntu 18.04下直接跑三个gromacs，提示如下

NOTE: The number of threads is not equal to the number of (logical) cores
      and the -pin option is set to auto: will not pin threads to cores.
      This can lead to significant performance degradation.
      Consider using -pin on (and -pinoffset in case you run multiple jobs).

说明三个进程互相干扰了，需要在gromacs层面设置一下，因为有时候taskset是无效的

首先查看一下到底有几个core（核）

$cat /proc/cpuinfo| grep "cpu cores"| uniq
cpu cores	: 32

32个核

再看一下线程数

cat /proc/cpuinfo| grep "processor"| wc -l
64

设置-pin on可以让gmx自己绑定到固定的逻辑核心上，不过多个gmx进程需要指定一下，用-pinofffset 将第一个线程关联到某个编号的逻辑核心。这样不同的mdrun实例可以区分开。

-pinstride可以设置逻辑核心中线程的关联距离，默认为0不用修改

运行如下

gmx_mpi mdrun -deffnm npt-1 -ntomp 24 -nb gpu -pme gpu -bonded cpu -pin on -pinoffset 1

从cpu编号1起始，24个逻辑核心绑定

然后还可以吧这个进程设置成高优先度。

多个mdrun最好指定不同的GPU

-gpu_id 可使用的GPU ID列表

然后根据cpu和gpu的比例通过-nb -pme和-bonded三个选项指定三种相互作用计算的设备，如果这个mdrun

实例有独立的gpu使用，按照如上设置 -nb gpu -pme gpu -bonded cpu速度最好，前提是你的显卡还过得去。