Nature ：全球表层土壤中微生物组的结构和功能

刘永鑫 2018-10-19 08:35

Structure and function of the global topsoil microbiome 全球表层土微生物组群落结构和功能 Mohammad Bahram , Falk Hildebrand, Sofia K. Forslund, Jennifer L. Anderson, Nadejda A. Soudzilovskaia, Peter M. Bodegom, Johan Bengtsson-Palme, Sten Anslan, Luis Pedro Coelho, Helery Harend, Jaime Huerta-C ...

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Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP简介

刘永鑫 2018-10-13 18:23

MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis 题目：MetaWRAP——灵活的宏基因组数据挖掘单菌基因组分析流程 作者：Gherman V. Uritskiy, Jocelyne DiRuggiero and James Taylor 单位：约翰斯·霍普金斯大学，生物系 文章于2018年3月6日发布于bioRxiv上 https://www.biorxiv.org ...

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npjsba-2018-用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎

刘永鑫 2018-10-3 11:34

本文由同济大学赵晗编译，宏基因组公众号编辑。 用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎 npj Systems Biology and Applications-2018 基于宏基因组数据个性化计算分析微生物组：预测克罗恩症的膳食补充物 From metagenomic data to personalized in silico microbiotas: predicting dietary supplements ...

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Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定

刘永鑫 2018-9-7 16:20

今年6月，基于早期肝癌患者肠道标记物开发的文章正式发表于Gut杂，影响因子17分。 两位院士坐镇，三位通讯加起来近200岁，100多年科研经验。郑树森团队已成功施行肝移植2300余例，良性肝病受者1年生存率达95.2%，符合其2006年提出的肝癌肝移植“杭州标准”的肝癌病人5年存活率达到72.5%；在国际著名学术期 ...

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Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控

热度 3 刘永鑫 2018-8-11 10:05

今年3月Cell推出了微生物组专刊，详见下方链接。 Cell：22篇微生物文章为微生物组打Call 其中Peer Bork一篇关于人类肠道微生物组关联分析的综述写的非常系统，值得广大同行精读学习。 全文15000余字，我将阅读笔记分享给大家，欢迎广大同行留言讨论和批评指正。 人类肠道微生物组：从关联到调控 Thomas S.B. ...

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PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组

刘永鑫 2018-7-10 13:03

之前的研究一直关注的是宿主(植物)的转录组在病原菌侵染条件下有什么变化，而很少研究病原菌在植物免疫刺激下的变化。主要还是受方法的限制，因为材料中绝大多数是植物组织的转录本，极难获取足够量的病原菌转录本。 本文介绍了一种新方法，可以去除植物组织，特异富集病原菌的转录本，从而获得植物体内病原菌转录组。本 ...

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PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康

刘永鑫 2018-6-29 21:19

PNAS今天4月23日发表了关于根系分泌物影响菌群结构的文章。是于Jeffery L. Dangl负责处理的稿件。 热心肠日报导读 根系分泌物调节根系菌群，促进植物健康生长 创作：沈志勋 审核：沈志勋 05月21日 ① 植物根部特异性转录因子MYB72调节铁动员荧光酚类化合物的生物合成，随后β-葡糖苷酶BGLU42的活性对与这些化合物分 ...

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手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表

刘永鑫 2018-6-26 22:56

文章简介 人类体内和植物根系都存在着数量庞大种类繁多的微生物群落（微生物组）。肠道微生物组随人类年龄的演化规律关系到人们的健康。与之类似，植物根系微生物组随植物生长的变化规律对植物健康也非常重要，与农作物营养高效利用、连作、轮作等重要问题密切相关。 日前，隶属于中国科学院遗传与发育生物学研究所 ...

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