博文
- mothur的make.contigs模块
- make.contigs的功能在于将PE reads组装成tag 包含的参数有： file, ffastq, rfastq, ffasta, rfasta, fqfile, rqfile, findex, rindex, oligos, format, tdiffs, bdiffs, pdiffs, align, match, mismatch, gapopen, gapextend, insert, deltaq, allfiles and processors ...
- mothur align.seqs中v3-4区域的位置界定
- 在利用mothur align.seqs模块将tags比对到sivla参考序列时，为了减少计算量，通常会对silva进行区域的筛选。 针对v4区域的参考位置是start=11894, end=25319 v3-5区域的参考位置是start＝6426，end=27654 v3-4区域的参考位置是start=6428, end=23444 材料参考源： http://www.mothur.org/forum/vi ...
- Mothur的安装
- 第一、下载安装包安装 1、针对Mac OSX环境，须有c++编译器 （1）安装包的下载 （2）解压： unzip mothur.zip （3）进入目录： cd mothur （4）编译： make ...
