置顶 · 薛良交-南京林业大学林学院

2019-11-6 20:06

http://linxue.njfu.edu.cn/sz/ShowJs.asp?id=358 http://linxue.njfu.edu.cn/info.php?cid=117 姓名： 薛良交 系别： 林木遗传育种系 职务： 教师 类别： 教授 最终学历： 博士研究生 最终学位： 理学博士 办公电话： 电子邮箱： lxue@njfu.edu.cn 教育经历： ...

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R code to split strings

薛良交 2014-10-21 04:24

get_treat= function (x,in_split=\_,perl = T){ strsplit(x, in_split) ] } treat = as.character(sapply(samples_in ,get_treat))

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Vcf.pm and tabix

薛良交 2014-10-14 23:09

Yesterday, I wrote one code to load a vcf file with 20million lines into the memory. It's a huge hash, taking more than 5 G of memory. Today, I checked the perl module Vcf.pm. It's very fast and memory-efficency. Generally, I beleive their codes have been better tested than mine. I ...

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Github

薛良交 2014-10-10 23:28

网上很多code，自己懒得写就搜搜Github，Biostar http://davetang.org/muse/2011/01/28/perl-and-sam/

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circos versions in R

薛良交 2014-8-30 00:15

Rcircos package http://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/index.html circlize package http://cran.r-project.org/web/packages/circlize/index.html

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Converting Genome Coordinates between versions

薛良交 2014-6-28 09:13

https://www.biostars.org/p/65558/ Converting Genome Coordinates From One Genome Version To Another (Ucsc Liftover, Ncbi Remap, Ensembl Api) 很好的总结，that is.

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麻省理工公开课 Quantitative Biology Workshop

热度 1 薛良交 2014-6-27 21:01

很好的课程，不知结束后是否还放在网上。 所以，好好学学 MITx总比MITbbs好。 MITx: 7.QBWx Quantitative Biology Workshop https://www.edx.org/

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RNAseqGUI

薛良交 2014-6-24 15:54

http://bioinfo.na.iac.cnr.it/RNASeqGUI/Manual.html 貌似不错的工具。

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用SNP替换参考基因组

热度 1 薛良交 2014-6-4 09:32

https://www.biostars.org/p/6553/ http://vcftools.sourceforge.net/perl_module.html#vcf-consensus 以前见过，想找时还是找了好一会。 放在这里就好找了。

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