赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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一个简洁的子集获取的代码
2022-1-27 16:03
刚读文献的时候,发现一个提取数据框子集的代码很简洁的代码,特此记录下来。 GuineaPigs - subset(GuineaPigs, !is.na(Testo) !is.na(Rank) (Time %in% c(1,3,5))) 此代码的目的是去掉 GuineaPigs数据钟 Testo和Rank中这两列中含有NA的行,并选取Time里面是1,3,5的行。 虽然我们很多的命令可以实 ...
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用于分解广义混合线性模型的R2的包glmm.hp发布于R官网CRAN
2022-1-25 16:09
生态学的数据大部分取样于地球表面,常常具有时空属性或复杂的嵌套和层次结构,导致数据点之间不独立的问题普遍存在,传统的普通线性模型对类数据并不适用。 线性混合效应模型( LMM )及广义线性混合效应模型 (GLMM) 允许我们明确地对这种数据中的非独立性进行建模,因此 ...
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rdacca.hp包的文章在线发表Methods in ecology and evolution
2022-1-12 19:46
https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.13800 如何确定典范分析(RDA,CCA和dbRDA)单个解释变量的相对重要性,相信很多人跟我一样一直在寻找方法,但是一直没找到满意的答案。不少人用简单效应(simple effect)、条件效应(conditional effect)或是边际效应(marginal effect)直接当作 ...
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R里面save(对象1,对象2..., file="文件名.Rdata")这命令一定要习惯常用
2021-12-21 22:20
很多R的初学者有个习惯的思维,总要把结果输出到excel表格来,实际上除了数据框或是正常矩阵这种少数的类别能够往外输出到excel外,其他一般是无法这样输出的。最简单,最常用的存储结果的方式就是save(对象1,对象2..., file=文件名.Rdata)这个命令,这样存储的结果是在当前工作目录下有个R的文件,下回你直接打开这 ...
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R语言在光合作用研究当中的应用分析(Functional Plant Biology)
2021-12-13 08:48
R 语言在光合作用研究当中的应用分析 Yasi Liu , Xiangping Wang , Dayong Fan * , Jiangshan Lai * & ...
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用unique去掉重复的列的用法
2021-11-11 11:30
刚有一学员问怎么将相同的列去掉,很多人知道unique函数能去掉相同的行,但不知道也能去掉相同的列,只不过需要设定参数MARGIN=2,还有将数据对象设为矩阵而已。 a=data.frame(a=1:4,b=1:4) a a b 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 unique(a,MARGIN=2) #无动于衷,因为a是个数据框 a b 1 1 1 ...
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结构方程模型中类别变量变为定量数据的处理方法建议
热度 1 2021-11-9 22:44
在SEM中,经常遇到想要将 不同的组别 (不同植被类型,土地利用方式)、 不同的处理 (比如专门设计的配对试验,如施肥不施肥两种处理)作为外生的变量(解释变量)纳入SEM的情况。目前一般情况下将类别变量的每个水平单独做解释变量(变为0-1数据)然后进行SEM分析,这样无法获得整个类别变量作为单一的外生变量(解释变 ...
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评价R语言在生态学研究中应用的Ecosphere文章目前被引用的情况
2021-11-5 19:25
2019年在Ecosphere发表的一篇基于文献调查的评价R语言在生态学研究中应用及对生态研究开放性的贡献的文章,到目前google引用已经达到47次,通过researchgate可以展示具体被文章被引用的地方,基本引用都是为了证明R语言在生态研究中的重要性,为自己的研究工作或是R包的必要性提供依据。 1. &n ...
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如果用双循环把两层文件夹里面的数据读到一个文件里面(代码)
2021-10-30 21:42
应朋友请求,需要将案例数据里面的一个文件夹里面n个文件夹里面m个文件(每个文件列名一样,行数不一样)一起读入R并组成一个文件。 通过这个案例可以巧妙利用双循环进行读取。具体案例和代码从百度网盘获取。大家运行的时候得预先注意一下工作目录。 链接: https://pan.baidu.com/s/1jNL-T7mozeH5-WDflP5TOA 提取码: af ...
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新疆生地所2021年9月10日讲座:用rdacca.hp包获取典范分析中单个解释变量的解释率(ppt和代码)
热度 2 2021-9-10 08:26
新疆生地所讲座代码.r 新疆生地所:用rdacca.hp包获取典范分析中单个解释变量的解释率.pdf
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GMT+8, 2022-1-29 07:31

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