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关于典范分析的解释变量是否需要标准化的问题
赖江山 2022-4-23 21:04
刚群里有人问,典范分析(RDA、CCA和dbRDA)的解释变量量纲不一样,是否选择转化,比如对数化或是标准化。 我的回答是:如果解释变量量纲不一样,对于典范分析,是否标准化并不影响结果,因为跟普通多元回归不同,典范分析中每个解释变量并没有一个单独的回归系数,因此不存在跟多元回归一样的数据标准化后可以获得标准化 ...
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plspm包的安装
赖江山 2022-3-30 11:46
plspm包作为 含有隐变量的通经分析,具有独特的优势,比如能给整个SEM的R2(当然这个R2没什么用,意义不太明确),能做潜变量分析(基于偏最小二乘法,能够提取让回归R2最大化的主成分,是lavaan包没有的功能)等。但是这个包目前已经被CRAN网站剔除(何故不得知),所以无法用install.packages()来安装,只能从github安装 ...
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新版glmm.hp在CRAN更新上线
赖江山 2022-2-9 15:53
对于非正态分布的广义线性混合模型( GLMM ),上一版的 glmm.hp() 默认分解是 r.squaredGLMM() 输出矩阵的第一行的 R 2 , 比如对于二项分布的 GLMM ,第一行就是 theoretical 类型 R 2 ,第二行为 delta 类型 R 2 。在写包的时候,我试一下几个 ...
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rdacca.hp包的文章在线发表Methods in ecology and evolution
赖江山 2022-1-12 19:46
https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.13800 如何确定典范分析(RDA,CCA和dbRDA)单个解释变量的相对重要性,相信很多人跟我一样一直在寻找方法,但是一直没找到满意的答案。不少人用简单效应(simple effect)、条件效应(conditional effect)或是边际效应(marginal effect)直接当作 ...
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用unique去掉重复的列的用法
赖江山 2021-11-11 11:30
刚有一学员问怎么将相同的列去掉,很多人知道unique函数能去掉相同的行,但不知道也能去掉相同的列,只不过需要设定参数MARGIN=2,还有将数据对象设为矩阵而已。 a=data.frame(a=1:4,b=1:4) a a b 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 unique(a,MARGIN=2) #无动于衷,因为a是个数据框 a b 1 1 1 ...
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评价R语言在生态学研究中应用的Ecosphere文章目前被引用的情况
赖江山 2021-11-5 19:25
2019年在Ecosphere发表的一篇基于文献调查的评价R语言在生态学研究中应用及对生态研究开放性的贡献的文章,到目前google引用已经达到47次,通过researchgate可以展示具体被文章被引用的地方,基本引用都是为了证明R语言在生态研究中的重要性,为自己的研究工作或是R包的必要性提供依据。 1. &n ...
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将原始多度数据转化正整数等级数据并制作热图
赖江山 2021-6-2 17:44
将多度数据转为等级数据代码 将多度数据转为等级数据代码 有学员对于能够展示物种在样方多度分布的热图(如下图)很感兴趣(列为样方,行为物种,热图的颜色代表多度),但这个热图需要用到将原始多度数据转化为10以内正整数的等级数据。很多学员不知道怎么转化。其实,将原始多度数据转化等级数据并没有统一的模式,分 ...
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rdacca.hp用于在多元回归和典范分析中变差分解和层次分割的R包(preprint)
赖江山 2021-3-12 19:57
rdacca.hp用于在多元回归和典范分析中变差分解和层次分割的R包(preprint) 摘要: 探索多响应变量与多解释变量之间关系的典范分析(canonical analysis)是群落生态学多元统计最重要的分析方法。RDA、db-RDA和CCA是三种最常用的典范分析方法。目前,典范分析遇到两个挑战。首先,我们缺乏定量指标来估计单个 ...
个人分类: RDA|2938 次阅读|1 个评论
通过置换检验(也就是 Monte Carlo模拟检验)获得相关系数的p值
赖江山 2021-2-10 11:06
刚有学员问“怎么用R做 相关估计显著水平的MonteCarlo模拟检验”。其实不要被“MonteCarlo模拟”这个貌似很高深的术语所迷惑,MonteCarlo模拟简单说,就是用原始数据,不放回重新全部抽样,对抽取数据的配对再进行分析获得模拟值,然后通过看实测值与模拟值分布(n次抽样,一般设为999,这样最小p ...
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有一个计算生物多样性指数新R包adiv,发表在最新一期的MEE上
赖江山 2020-9-18 14:36
Sandrine Pavoine 在2020年6月Methods in Ecology and Evolution发表一个新包adiv: Anrpackage to analyse biodiversity in ecology。此包含有最全的生物多样性指数的计算函数。包括三个层次(α,β和γ)物种多样性、分类学多样性、功能多样性和谱系多样性。具体详见下面链接,值得关注! htt ...
个人分类: RDA|2571 次阅读|没有评论

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